Detail information of Csa3G821030_circ_g.3


General Information
CircRNA Name Csa3G821030_circ_g.3
ID in PlantcircBase csa_circ_002052
Alias Chr3:31961286_31964458
Organism Cucumis sativus
Position chrChr3: 31961286-31964458  JBrowse»
Reference genome Cucumis sativus v1.5
Type   e-circRNA
Identification method CIRI2;Find_circ
Parent gene Csa3G821030
Parent gene annotation NA
Parent gene strand +
Alternative splicing Csa3G821030_circ_g.8
Support reads NA
Tissues leaf,root
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered Csa3G821030.1:6
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TTCTCAGGTTGGCGTCTTACCAATGGATGAGTCTAAAGTTACAATGAAAGGCCGTCTTGGTCCA
GGAATGATGATTGCTGCTGATTTGCAGACCGGACAGttgttgcaagtatctttagacaagaagg
tcttgaggtgcttggttggaggcctgttcctgtgaaagcttctgtggttggtataaatgcaaag
aagaccat
Assembled circRNA sequence   Yes
Full-length trsnacripts Transcript length: 935
Transcript exons: 31961286-31961728,31961863-31961994,31962726-31962824,31
963307-31963377,31963662-31963758,31964366-31964458
TTGTTGCAAGTATCTTTAGACAAGAAGGTCTTGAGGTGCTTGGTTGGAGGCCTGTTCCTGTGAA
AGCTTCTGTGGTTGGTATAAATGCAAAGAAGACCATGCCTAACATTGAGCAGGTATTCGTCCAA
GTAGTTAAAGAAGAGAATGTGGACGACATTGAACGAGAACTTTACATTTGTAGGAAATTGATTG
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GTCTTGATCGCAATGGATTGCGCCCAGCTCGGTATTGGCGCACGTCAGATAATTTTGTTTATGT
TGCATCTGAGGTTGGCGTCTTACCAATGGATGAGTCTAAAGTTACAATGAAAGGCCGTCTTGGT
CCAGGAATGATGATTGCTGCTGATTTGCAGACCGGACAG

Genomic sequence TTGTTGCAAGTATCTTTAGACAAGAAGGTCTTGAGGTGCTTGGTTGGAGGCCTGTTCCTGTGAA
AGCTTCTGTGGTTGGTATAAATGCAAAGAAGACCATGCCTAACATTGAGCAGGTATTCGTCCAA
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GAAAATGAAATTCGTCCATATGGCAACCCAAGGGCATCGGATTCAGCAAATCTTGATAGTGCAG
CCGAAGTAAGATCTATGTTCATTAATAGTGAAAATGCATATCCACGAGATGAACAATATTAATT
GTCTTACATTTAATTTGGTTATTTGCATTTTCTTTTGAGAAAGTTATTTGCATATGTTGAGCAT
AGTATTTGTAAGTTTGCTATGTATTGTTATATAGATGCTTTAATGATTATAAATTTTTATTGAG
TGTCATGTCCAAAGGTCTGTGTAATAAGAATTGAAGGATAATTGAAAATTGACAGTGACAAAAT
TGTACAAAATAATGGCTGGTATACAACATATTAAATCACTGATCAGCCCAATTTTTTATGGTAT
CAAAGTAGGTGATCTAGGAGATCCGTTCTCCTGCAATGTTATTTCCTCCCCAATTAATTTAAAT
TTCCTCTTGTTGGGCTACATATTTCAAGCTCACAAGTGAAGGGAAGTGTTAAATTTAATATTTA
CCTCCAAGAAGCAACACTCATCAACATGTTGATTGTTGGGTATTCTAAATGTTGATCAAAGATT
GGATTTCTAGATTCCGGTATTTTATTTGGTGGTTTACTGTGACTTGTAATGTAAATTGTGATTC
TATTACTATCAATGTTTCTGTGATTTCTAAAAAAATTGGTATATTTCTCTTGAAGCCTGAAAGA
TTGATGACCTCTACAAATTTATGTATTTACTGAATTTCTTCTTAATCTGATTCTACATCCTCCT
ATTTTACTAGTCGTTGTCTTCTACTGGTTTAGTTGTTAATAAGAAGTGGCCGTGCCCCTGAGGA
GGCTCTCATGATCCTTGTTCCTGAGGCTTACAAGAATCATCCTACATTGATGATCAAATATCCA
GAGGTACCATTGCTTTTGTCTTCATTACTTTGTCATTCCATCCCCCTTCTTCCCTGGAATGCAC
TGTTTGCACGCCTTCCATTCATCAACATCTTTTTTATAAGAAACAAACATGAATTCACAGGACG
CAGTATCCATAAAATTAAGTTTACAGACATGTTAGGTTCTGAATGTTAGGCTACTTGGGTTATT
TTCTTAGGGATTAATTTCTATTTCATGGACTGCATTTCTCCTTATGTTTCTCTGTGCTTTTGTT
TTTCTTTTTTTGGTAGAGAGAAAAAAGTATTCATTGAACTAATGAAAAGAGACTAATGCTTATG
CAAGACTAGATTCCTAATAGCCGTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTTTTTGGGGGTATAATTTTAAC
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GGTCAAATGGAGGCTTGGGATGGACCTGCTTTATTGTTGTTCAGGTATTATCTAAAAAATATTT
CTTCTCTATTGTCTGGTTGTTATGATATTAAGAAGTGAGTTAATAATTTAAGTATCACCTTGTA
GTCTAAATTTTTGATGGGTTGAAGATATTATTGTCTTTTTTGTTTGTTTGTTTGAAAGGTGAGG
TTTACTGTGTAAGCTTATTGAAACTTTCCCCTTTTAGGTTTTAACTTTGTGCATCAGTGGAAAG
CCTTGATACCTTTTCTGGAAAATATAGGTTCATGCTGGTCTGATCGTTGTTAATGCAATTGATT
TTTTGCAGCGATGGAAAAACAGTTGGTGCCTGTCTTGATCGCAATGGATTGCGCCCAGCTCGGT
ATTGGCGCACGTCAGATAATTTTGTTTATGTTGCATCTGAGGTGTGTTCTCCATCTTCTATTTG
TTTTAGTTGCACGACTTTGCCAGTTTCTTTTTGTTTTTTTCACTTCGTGTTTTCTCATCTTGGA
AATTTCTTCTGTTGTTTTTTTGCTCTCTGTAGTGGTTTGCCTTGTCTTCATCTTTGTTCTAATT
TTCGTTCTTTTATGGAGTTTGTATCTTTGAAGATTATTCTCTTTTCATTGAAATAGGTATGATT
AGATGTATGTGTATCTTCTAGTTATTTGGCCTTGATGACACCAAAATAATTTGGTTGTTCAGTC
GTTGCGTTGATGTTTTGATGGGATCTCAAACTGAAGTTCATGTTTCTTGTAATATTTTTATATT
CTAAATAATAATATCACAGGAATTAAAAAGGATTTTGTAAAAGCAAAATATGAAGAAGACAAAG
TTCATGTTATTTCATATATTTATAGTTTTTTAGTTTGTTCCATTATGCATAAACATCTAAATTG
TGAAATCCAAACACTTTTCATATCCTAAGACCCATTATTCTTGTGAAATAATGAGAAGAATGTG
TTTTATGATTTTTTTTGGGGCACAGCACAATTGCTATTTCACCTCTTTATCTATTCCATTCTTC
TTTCTCAGGTTGGCGTCTTACCAATGGATGAGTCTAAAGTTACAATGAAAGGCCGTCTTGGTCC
AGGAATGATGATTGCTGCTGATTTGCAGACCGGACAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 1.03253036
Functional Information
Coding potential Y
Potential coding position 31961385-31961345(+)
Potential amino acid sequence MPNIEQVFVQVVKEENVDDIERELYICRKLIEREANSKSWGSELYFCSLSNQTIVYKGMLRSEV
LGLFYDDLQNDLYKSPFAIYHRRYSTNTSPRWPLAQPMRLLGHNGEINTIQGNLNWMQSREASL
KSSVWRGRENEIRPYGNPRASDSANLDSAAELLIRSGRAPEEALMILVPEAYKNHPTLMIKYPE
VVDFYDYYKGQMEAWDGPALLLFSDGKTVGACLDRNGLRPARYWRTSDNFVYVASEVGVLPMDE
SKVTMKGRLGPGMMIAADLQTGQLLQVSLDKKVLRCLVGGLFL*
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zhu et al., 2019;He et al., 2020