Detail information of Gh_A08G1513_circ_g.3


General Information
CircRNA Name Gh_A08G1513_circ_g.3
ID in PlantcircBase ghi_circ_000927
Alias ghr_circ_0000659
Organism Gossypium hirsutum
Position chrA08: 92099641-92104128  JBrowse»
Reference genome v1.1
Type   ei-circRNA
Identification method find_circ; CIRI
Parent gene Gh_A08G1513
Parent gene annotation SIMILAR TO: AT4G16770, 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent
oxygenase superfamily protein
Parent gene strand +
Alternative splicing Gh_A08G1513_circ_g.1 Gh_A08G1513_circ_g.2 Gh_A08G1513_circ_g.4 Gh_A08G1513_circ_g.5
Support reads NA
Tissues fiber/ stem
Exon boundary   No-Yes
Splicing signals   GT-CA
Number of exons covered Gh_A08G1513:1
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TCATTCCCAATTGAAGAGAAGATGAAGTTAGCTATCAAGAATCACAGAGGTTATACAGCACTTT
ATGCTGAAAAACTTGATACTACTTTAACTACCAAAGggtgactctaaagaaactttctatgttg
gtccactagctgatggcctcaatcaatggtctttagaaggtatgtatggttatcttattataca
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Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GGTGACTCTAAAGAAACTTTCTATGTTGGTCCACTAGCTGATGGCCTCAATCAATGGTCTTTAG
AAGGTATGTATGGTTATCTTATTATACAAAACATCTTGTAGTAGTTTCTTCATATAAGAAGTTT
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TCTATCCGTAAGGTTCGTCTTTTTATTTCTTCTTTACCCTTTTACTTTGCCAATATTCAATCTT
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TTAGCAGGCATGCATTGACCACGGTTTCTTTTACCTCGTGAATCATGGGGTCGATGAAGAATTG
GTTAAGAAAGTTTTTGAGCAGAGTAGCAACTTCTTTTCATTCCCAATTGAAGAGAAGATGAAGT
TAGCTATCAAGAATCACAGAGGTTATACAGCACTTTATGCTGAAAAACTTGATACTACTTTAAC
TACCAAAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS
Functional Information
Coding potential NA
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Salih et al., 2020