Detail information of orai.009G349600_circ_g.3


General Information
CircRNA Name orai.009G349600_circ_g.3
ID in PlantcircBase gra_circ_001017
Alias Chr09:44121889|44125536
Organism Gossypium raimondii
Position chrChr09: 44121889-44125536  JBrowse»
Reference genome Graimondii_221
Type   ue-circRNA
Identification method CIRI
Parent gene Gorai.009G349600
Parent gene annotation NA
Parent gene strand +
Alternative splicing NA
Support reads 7
Tissues ovule
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered Gorai.009G349600.1:6
Gorai.009G349600.3:6
Gorai.009G349600.7:6
Gorai.009G349600.6:4
Gorai.009G349600.2:6
Gorai.009G349600.4:6
Gorai.009G349600.5:6
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   CTTATGGTCTAAAACTATTGCTACAATATTGTGGCCTTTGCATGTCTTAGCAACAAAGTTTGTC
TACAAAAAAATCCGCTCTGCTATTGGGATACAAAAGtgttgggctgcttattgacaatccagaa
tttttcaatcgtcttgctgggaaattttgttccaatgcaagtatgagatttattgttctacttt
ggggggag
Assembled circRNA sequence   Yes
Full-length trsnacripts Transcript length: 799
Transcript exons: 44121889-44122100,44122364-44122482,44122605-44122739,44
122938-44123005,44124265-44124370,44125378-44125536
TGTTGGGCTGCTTATTGACAATCCAGAATTTTTCAATCGTCTTGCTGGGAAATTTTGTTCCAAT
GCAAGTATGAGATTTATTGTTCTACTTTGGGGGGAGAAATCATGCCTGGCCAACAATGAAACAC
TTGGTGTACCTGTATTCAGTTATAAGGAGATGGTGAAGTTAGGAAGGGAAAACCGTGCTGCCCT
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AAAAATCCGCTCTGCTATTGGGATACAAAAG

Genomic sequence TGTTGGGCTGCTTATTGACAATCCAGAATTTTTCAATCGTCTTGCTGGGAAATTTTGTTCCAAT
GCAAGTATGAGATTTATTGTTCTACTTTGGGGGGAGAAATCATGCCTGGCCAACAATGAAACAC
TTGGTGTACCTGTATTCAGTTATAAGGAGATGGTGAAGTTAGGAAGGGAAAACCGTGCTGCCCT
TATCGATTCTCTTGATGCTAGTAAGTTTGACTACATTTTCTTGCAGAATCAAATTCTCTTTTTG
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TAATTAGCTTCGTTGGAATGTTTATCTTTGCAACAACTATATATTACTATTATATTTGTCTGTG
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TTACCTAGTAAAAAATGAGCTTGATTCCCGTGCTCAACTTAAAATTTACTTATTTTTGCTCAAG
CTTGAGTTTAAATTGAAAATTTTCAATATTAACTAAAAATAAAAGGTTCGATTAGTCTCACAAA
TTGCTTGAGTTGAACATTTGGGTATTGAAGTTCAACTCGCTTGATAGCTCAAGCTTGAGCTCAA
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TTGAGTTCAACTTGACAATGACTGAATTGATTTGAGTTTTACTTGTAGCGGAATCCAAGTGACT
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TGTAATTTTAGATTAATTCTAGATGGTTGGGCCATGCATGATTAGTTTATTAAAGACTTTACTT
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TTAAACTTATTGTGTAAGGAAACTATTCGATTCTAAATGCTGCTTTTAAAATATTTTTGGATTA
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CATTCATAAGGATCAGCTTGGCATACACGGAGTTGAAGAGAATTTATGAGGTTATGGCAATTTT
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GTGGCATAAATTCATTCTTTAATGCCCTAAAACTTGAGATAAATGGGGATTAGATGCCAGTTTA
ACCTGATACCCATATTTCTTTTATGGATATAATGCCTAAAGTTCAACTAAGACTGCAGACTTTC
TTAAACTTAACTTACGACCCGTTTTTGAAAAGACCACATAACTTAATTTCTAGTGAAATTCTTT
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GTTCTGCTTATCAGGGAATTCGTTTGACAGTGGGGTTATGCTGATAACGCTTTCTGCAGAATAT
GGTGACTAGTCTAGCAGCCTGTGGAATCGACCAAACTGAATAAAGCAAATTAAAAACCATCATC
CTGTGTTGCTTTGATTTTCATTTTTCTTGAGGTATCTGTGTTCAACGCATTCTTGGACGTGGGT
ATAGCATATGACCCTCCAAATATATGAAAATATTATGTTACTCGGACTTGGGTGTAAGTGTTGG
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GGAGGACCATATCTCGATGCCCATGTCCGAGCATGTGTTGGAGATGAATTCAGACACAGTAGTT
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CCCATATAAGATGCATGCCTCTACTCACACCCACTTGAGTCCAAGTAACATATCTATAATCTAT
TTGCCCCATGCTTTGGATGTCACATGTACTGAGTGTTGGTGCACTCATATGGTCCTCTGACTGT
CTTTTTCGCTCCAAACTATCAAACTGGATGAATTCTAATGTTTGTTTGTCAGTTGTTTCAACTC
AGTTTTGCCCTTTGATTTTTATTTGATCAACAGGGACTATGCCTAACAAGAAATCCGGAGGAAC
CTTCGCATATTGTATCCATGTTCGACTACTTATGGTCTAAAACTATTGCTACAATATTGTGGCC
TTTGCATGTCTTAGCAACAAAGTTTGTCTACAAAAAAATCCGCTCTGCTATTGGGATACAAAAG
Conservation Information
Conserved circRNAs ghi_circ_000291*
PMCS 0.511603061
Functional Information
Coding potential Y
Potential coding position 44121959-44121903(+)
Potential amino acid sequence MRFIVLLWGEKSCLANNETLGVPVFSYKEMVKLGRENRAALIDSLDARKGYRYEVIGSDDIATL
VYTSGTTGNPKGVMLSHKNLLHQIENLGVLGPAKAGDRFLSMLPTWHTYERACEYFIFTRGIEQ
VYTTVRTLKDDLRNYKPDYMISVPLVYETLYSGIQKQISSSPNAIKLIVFSFIRISLAYTELKR
IYEGLCLTRNPEEPSHIVSMFDYLWSKTIATILWPLHVLATKFVYKKIRSAIGIQKCWAAY*(+
)
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zhao et al., 2017b