Detail information of PGSC0003DMG400033906_circ_g.1


General Information
CircRNA Name PGSC0003DMG400033906_circ_g.1
ID in PlantcircBase stu_circ_001446
Alias chr10:44285805|44290473
Organism Solanum tuberosum
Position chr10: 44285806-44290473  JBrowse»
Reference genome 3.0.38
Type   ei-circRNA
Identification method CIRI2
Parent gene PGSC0003DMG400033906
Parent gene annotation Isoflavone reductase homolog
Parent gene strand +
Alternative splicing NA
Support reads NA
Tissues stem
Exon boundary   No-No
Splicing signals   GT-GG
Number of exons covered PGSC0003DMT400084271:5
PGSC0003DMT400084272:3
PGSC0003DMT400084273:1
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TCACCATACATTTGTCTTCGTCAGAAGATCCACTCTTTCCGATCCTTCCAAAACCAAACTCATC
GATACTTTCAAGAGTTTTGGCGTCACCTTCCTCCATgagatttatatgatcatgagagtttggt
gaaggcgataaaacaagtggatgttgtgatttctacagtaggtcatgcccttttagctgatcag
gtcaagct
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GAGATTTATATGATCATGAGAGTTTGGTGAAGGCGATAAAACAAGTGGATGTTGTGATTTCTAC
AGTAGGTCATGCCCTTTTAGCTGATCAGGTCAAGCTAATTGCTGCTATCAAAGAAGCTGGCAAT
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AACTCTATAATATTTCTGTGTCTAATGAATACTGGCATTAATCAAAGCTTTTTACCAATTTAGA
ATTCAATGGCCGGAAAAAGTAAGATTCTGTTCATCGGCGGTACTGGTTACATCGGAAAGTTCAT
CGTCGAAGCTAGTGCTAAAGCTGGTCACCATACATTTGTCTTCGTCAGAAGATCCACTCTTTCC
GATCCTTCCAAAACCAAACTCATCGATACTTTCAAGAGTTTTGGCGTCACCTTCCTCCAT
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.127450559
Functional Information
Coding potential NA
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zhou et al., 2018