Detail information of Solyc05g016460.1_circ_g.2


General Information
CircRNA Name Solyc05g016460.1_circ_g.2
ID in PlantcircBase sly_circ_001717
Alias NA
Organism Solanum lycopersicum
Position chr5: 16830715-16835610  JBrowse»
Reference genome SL2.50.38
Type   e-circRNA
Identification method CIRI; find_circ
Parent gene Solyc05g016460.1
Parent gene annotation protein_coding
Parent gene strand -
Alternative splicing Solyc05g016460.1_circ_g.1 Solyc05g016460.1_circ_g.3
Support reads NA
Tissues leaf
Exon boundary   No-Yes
Splicing signals   CT-TA
Number of exons covered Solyc05g016460.1.1:3
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TCCACCAGTCTGGTGATGGAGCGTTCCGAAGTGCATGCTTTAAACAACGCAAAGCTCGCTCCCA
ATCCAGGCTTCCTTTTTGAATGGAAGCTGCAAGATCcctttgttaacttgtctccaccattcat
caatttgctttcctttttgtagctgctcgttattcaggtattctcttgttgctgtatttagtgt
ccaaatgc
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence CCTTTGTTAACTTGTCTCCACCATTCATCAATTTGCTTTCCTTTTTGTAGCTGCTCGTTATTCA
GGTATTCTCTTGTTGCTGTATTTAGTGTCCAAATGCGCAAGTTCTGACAACTGCTAATGAAATC
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TCCCCACACAGATAACACTTAGAGGCCAACTGATAACCTCTCTTGTTCAGGTTCTCATGTGTTA
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TCTTTCTCCTGTCCCCCTGTCCTGTTGATGGCCTTGTGAGCAAACTTGACTGAGAAGTCACCTT
CGTTGTCATCCTGTCATAATGACACATCATTTTCCTCGGGCATCGGAATTTTCCTTTATGTCGT
GCCCTTGGATGGAGCTTTCTGAATTATCTGAGAAAACATTAATCTTTTATTTTCTATCAGATTA
TTCACGCGGCAGTGAAGATTGAGTTTCAGTCTCAATGCCAAAGCACTATGCTGGAGATACAGTA
CCCAACTACTAATATTAATAATAACATTAAAAGAAAGAAAAGGGGAAATCTGAGAAATGTACAA
AATGGCAACTCGTATCACAATCTCAAGCAGAGTTTGAAGTATGAGAATATTGCCTGAATTCGTC
AACTTCAATAATTCAACAATTCTTTCAATAACTGCCTCGCAAACCATTTCCGATGTAAACACAG
CACCCGGAGTTGGAGCCTGGGCATGAACCCTGTGACAGGGAGCCACAAGAAGCACACGTCTCCA
CCAGTCTGGTGATGGAGCGTTCCGAAGTGCATGCTTTAAACAACGCAAAGCTCGCTCCCAATCC
AGGCTTCCTTTTTGAATGGAAGCTGCAAGATC
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.110900526
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Yang et al., 2020