Detail information of POPTR_0016s01590_circ_ag.1


General Information
CircRNA Name POPTR_0016s01590_circ_ag.1
ID in PlantcircBase pop_circ_003799
Alias Chr16:785345-789994
Organism Populus trichocarpa
Position chr16: 722415-727085  JBrowse»
Reference genome Populus trichocarpa genome v3.0
Type   ag-circRNA
Identification method CIRI2; circRNA_finder
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing POPTR_0016s01570_circ_ag.1 POPTR_0016s01570_circ_ag.2 POPTR_0016s01590_circ_ag.2
Support reads 10,6,4
Tissues leaf; cambium; xylem
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   GT-GA
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   ATGACTAGGTTAACAATAGTATCTTTTACAAGGGTTTTGTGATCATTGATGTAAGAAGTATAAG
CACTTGCAGGGCCTACAGCTAAAGCTTCTGGAGGAGggtgcaggtatggtctcaggaatttcga
tgaacctgatttctgtataaattgaagcaagcgatttgattttcttgcttatgccaccgtcaaa
tggattgt
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GGTGCAGGTATGGTCTCAGGAATTTCGATGAACCTGATTTCTGTATAAATTGAAGCAAGCGATT
TGATTTTCTTGCTTATGCCACCGTCAAATGGATTGTTGATGGCAAGCATGGTTATCAAGAAACT
GTCGTTCCTCTCAAGAACCGTCTTTGCTAACTGAACAGCTGGTACAAGGTGGCCAAATCCAGGT
GCAGGGACAAAGACTAGCTGTGTTTTCTTCATTTTGGAGGTTTTGAATGTTCAATATGGTGATC
CTTGTTTGCCTTATAATGGGCTCAAGGTCAACGCCACAATGCCAGCTGTTATGATTATTTTTTT
TCTAAATTAATCATCAAATTGGATGACAATTATTACAAAGATTGATTTCATAGAAAACTTTTCT
TGTAATATTTTTAAACAATTCAAATTAAATAAAACAAATTATAAATATAAAAGAAAAGAAAGCT
AGGGTTTCATTAATCATTTTATTTTGAAGTTATATTTTTAATCTATATATATATATATATATAT
ATATATATATATATATAAACTAAACTAAAAATATTATTTTATTTTTAATAAATAAAATTAAATA
AATATATTTTTTAACAACATTCATCTATCCCGTAAGATATTATTTATCTTTATTAAAAAAACAT
TGTAGATGATTTATTAGGATAATTTAATTAAGTATGACTTGATTAATATATATTTTAGAAATTA
AAAATTAAAATATAATTAATATAAGAATTATATTTGTAAACCTAAAAAAATCAAGTAGGGACTT
AATTGATTAAATTTTTAAAATTACCCTTAAATAATAAATGGATATTATTTGAGGGCAAATATAT
ATATTTTATCATTTAAACGGTTTTAGGATTTTATTATCAATATATATAGCTAAGCCTATTATTT
TGTAAGTAAAAAATGATGGTTGTCTGTTAGATAGAAAAACTATGTAAACACAATATTAGAGCTA
GTACTCTAAGCATAACAATCTCTCTTTTCTAAATAGTGATTTAAGAGTTTTCTCACAAGTAGTT
TGTATGAATTATCATTAAAAACTAAATAATTAAATGATTTTTAGTTTGTGACAACCCAACTTTT
AAAGAATAATTTAAAATAAAAAAATTAAATATTCAAATAATAAATCTCTAAATAATTTTAAATC
TAATCTAACATGATATAAGAAATAATATCCCGGTAGTGTGAGTTTGTGTGTATTGACAACTTAA
TATATTCAATCATGCGAATTCTTTGTAGGTGTTATGGTTTCAAATTGAGGAAGGACGTAGTTTT
TAATTAATGTATCAAAATTGATTTAATAATACCTTACTATTAAAAAGAAGAAGAAGTCAACAAC
AATGATTGATTGTGACTGCATTTAATAGCTAGACAGTTACATGGCTAGAAAGGATCCAAAGATA
ATATATACATGATGATATTCTGTTTAAATTTATTAAATGGCAATTTCGTAGGAATTGCTGAAGT
GTTAAATTGTGGATGAAGTTTAATTTGATGAATTTTTATTTTTATTTTTATTTTATTCTATTGT
ACTTTTCATCATTGGTAGTTATTTATGAAAAATATTATATCACTATTTATATCAAAATTATTCA
CACAAAAATTCTATCACTATTATCTTCTAAAATTATTTATGAAAAATTTCTCATTGGCATTTCT
GATTTTATTTATTAATTTTCTGGTAATAATAATAATCTTATGCTTAGGTTTATAATCCTATAAT
TTAAAAAATAGTATCGATACCTGAAACTTAAAAGAATATTAAACCTTCCATTTTTAATTTATAT
GAAATATTGATAATACAACTAATCAAACATAAACTAACAATCATTTAAACAAAATTTAAGAATT
GATTGTAGAATTACATAAATTAATTTTAAAATTTTTAAAAATTACATTTTATAAATTTTTACCA
AGTAATTCTACCATCAATTCCTAAACCTAACAATCATTTAAACAAATTTTAAGAAATGATGATA
GAATTACTTGGTAAACTTTTATGAAAATAAGCAAACTTTCTTAATAATCATATATATTCATCCT
TCTGATTAAATGACACTTAAATGTTTAAAGTAAAAAATACCTACATTTAACAAAACAAGATTCA
AGGTTCTTTTACAATGAAGACGCTATCGTTTCATACACATATTATAAACGAGAAATCCAAACCA
ACAAGATCAAAAAATAAAATATATACATAAACTTTCGAGTCAAAATATTATATTTTTAAAAGAG
AGAATACAAACAATGTTAGTCCATTTAAAGCTATCACATGCCCAACTATTCTAATGGCTCTAAT
TTTCAACTCTAATGAAAAACAAAATATTAAAAAATAATTTTTTATATATTTTAAATAAATTTAG
GTAGTAATTAAAATAAAGTATACAATATTAAGATTATTCAAAATGTTAATCTCACATCATGCAT
AAACTAATATGAGCTTATCTTTTAATGTATCATGAATGATTTTATTGGTGTGGTTTTTTTTTTC
CTTACATTACATGTATCTCAATTAATTTTTTAAAATTCTAAATTTTACAACCATGTAATGTATT
GATAGGGCAGGCAGTGAGGTGACTGTTTCTAGAGGGACGGGTGCTTGTAAATTGGATAGTGGCC
ATAAGCAAAAAATAAAGGACGAGGAGAGAGAGAAAAAAGTTGTGCATAATTTGTGTAGCATGTG
ATGGTGGGACAGGGATAATAATCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA
TATATATATATATGCGTGTGTGTATTTTAAAAAAAATATCATATTATTTTTTTAAATATATTCA
ATAAATAAGTAGGCTTCGGTTAATATTCAAAAGTCTCCCTGTCCCACCATTTTACACAAATTAT
GCACAACTTTTTTTCTTTCTCCTCGTCCTTTATCTTTTTGCTTATTGCCGTGGCTTGTCGATGC
TTATTGCCGTGGCTTGTCGATCCCTCACTGTCCAATTTACACGCACCCGTCTCTTTTAAAACAG
TTCTTTTAAATTTTAATGGCAATAGGTAAATGATTAGATTTTAGATTTATTTTCTAAAATTATT
TATTTAGTTTTTATAAATTTTAGAATGATTGAAGGTTTATATGGTCGTTAATTTCAGAGTTTCT
AGAATTAATCAAGATAGACACAAACTGACTCACACATTAATATTAATAATAATAAAAAATGGTA
TTAGGTGGTGTGATAGATTTTAATGCTATAAAACAAAAGGAAGAAAAGAAAGAAAAAGGTACGG
TCATTCCATAATAAGGCCCCAACTTTAATTAACTTCATCAGAACTAATGTTGGATAGGAAATAC
ATCACTTCAACATGACCAAATCAAACAAACTATATATATGATAAAGACTATAACTTAATTTGAG
GAATGAAATTAAGCCACAATAGGAATTGATGATCATTGATGGAATCAACATGGTGGAAAGGCCT
AAGCTCTTCATGGTTTGCTTCCTAACCACTGATCAATCAAGTTTCCTAAAGCAACATACGAAGA
TCCACCCTCCATCACAGCTTTCTTCGCCATTTCACTGGTTTCTTTGGCCTTGTTCCTAAGTTCA
CCACCTTGTTCCATCATGGTTTTCACAGCTTTTGTTATCACCTCCGCCTTCACAAAATCTGTAG
GGCAATCTCCCCTAAAATCCAACGTCAATTCCACTGCTAATCCCAAGTCTTTCACCAGCTGAAA
TGCATTCGTGTGTTGCTCAGCATATAATGGCCAAGTTATAATAGGCACAGCATACCACAAGGCC
TCCAAAGTTGAGTTCCATCCACAGTGTGATACGAAAGCGCCTACTGCTTTATGTGCCAAGATTT
CTACTTGTGGTGCCCATCCACATAGCATCCCAATATTTTTAGTTCTTTCCAAGAATCCCTGTGG
CAAGATCTCTCCATAGTTGTCAAAAATACTAGCTTGCAGCTTCCCCTTGGAGGGTTTCAACCGA
ACGGACCATAAGAACCTCTGTCCACTCCTCTCGAGCCCGATTGCAATTTCTTTCAACTGAGCTT
CATCAAAGCATCCTCTACTCCCGAAGCACAAGAACACCACTGATTTTTCAGGTTGATCATCAAG
CCATTTCAAGATCTCGTCACGCTTGACGGCATCGGATCCTGACAGACTCTTTCCCTTGTGATGA
ATGATCAATGGCCCAACATTGAAAATAGGTGGTATATCATCTCTAGCCAAAAGAGCACTAACGG
CATGGGACTCAGCTTCTGAAAATGTATTAACAATGATACCGTTGGACTCCTTAAACTGTCTTCC
ATGGTTTGCAAAAGCCTCGTATTCCACATCGGTGTGCAATAACGGCATAACACGGTAAGGCACG
GGATTTGAATAACAGGGGATGATATAGTCAGGGTCAGTAGGGCTAAACTTAGGCTCACCCTTGT
CTTCTCTATCTGAAAGGTAAAGCATCGTGGCAAGAAAGGCAGCATTAGAAGTGTAAAAAACATG
AGAAGGGACCCCAAGTTCTTTGGCAACATCAATAAATGCAGTGCAAAACATATCAACAACAACA
CTAGCAATTGGTGCAGGGTTGTGGGTCATGACTAGGTTAACAATAGTATCTTTTACAAGGGTTT
TGTGATCATTGATGTAAGAAGTATAAGCACTTGCAGGGCCTACAGCTAAAGCTTCTGGAGGAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.096737986
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Song et al., 2020