Detail information of PGSC0003DMG400046020_circ_ig.1


General Information
CircRNA Name PGSC0003DMG400046020_circ_ig.1
ID in PlantcircBase stu_circ_000135
Alias chr01:75101468|75106029
Organism Solanum tuberosum
Position chr1: 75101469-75106029  JBrowse»
Reference genome 3.0.38
Type   ig-circRNA
Identification method CIRI2
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing PGSC0003DMG400046020_circ_ig.2 PGSC0003DMG400046020_circ_ig.3 PGSC0003DMG400046020_circ_ig.4
Support reads NA
Tissues stem
Exon boundary   No-No
Splicing signals   GT-GA
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TCGTTCCTGCTGTGAAGCTAGCTTAAAGCGCCTACAAGTGGACTACATTGATCTCTACTATGTG
CACCGTATAGACACAACAGTGCCCATTGAGGAAACAtgggagaactcaaaaaattagttgaaga
aggtaaaataaagtatattggcctgtctgaagctcacccggagacgataaggagagcacatgca
gttcatcc
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence TGGGAGAACTCAAAAAATTAGTTGAAGAAGGTAAAATAAAGTATATTGGCCTGTCTGAAGCTCA
CCCGGAGACGATAAGGAGAGCACATGCAGTTCATCCTATCACCGCTGTACAGCAGGAGTATTCT
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CCACAGTTAAATAGCTTCTTGATTTTTCTTAAGTAATTCGTAATTTATCTAAGAATTTCTCTGT
TTCAGGCATTAAAGCAATTGCCTCGAGAAAAAGTACAGCTTGCAACAAAGTTCGGTATATATAA
GATCGAACCAACAAGGATTACAGTGAAAGGAACTCCTGAATATGTTCGTTCCTGCTGTGAAGCT
AGCTTAAAGCGCCTACAAGTGGACTACATTGATCTCTACTATGTGCACCGTATAGACACAACAG
TGCCCATTGAGGAAACA
Conservation Information
Conserved circRNAs ath_circ_005244 ath_circ_005247
PMCS 0.108298129
Functional Information
Coding potential NA
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zhou et al., 2018