Detail information of 5_circ_ag.4


General Information
CircRNA Name 5_circ_ag.4
ID in PlantcircBase ath_circ_035825
Alias At_ciR1965
Organism Arabidpsis thaliana
Position chr5: 15579-20214  JBrowse»
Reference genome TAIR10.38
Type   ag-circRNA
Identification method CIRI, find_circ
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing 5_circ_ag.1 AT5G01040_circ_g.2 5_circ_ag.3
Support reads 4/6
Tissues leaf/root, whole_plant
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   CT-AC
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   ATCAAATTGATACGTGAAATTGTTACTTGGTTGAATCGGACATTGAGTTATCATATTCGCACCG
TCCATCCATACGCTCTTCAGCTGAAAAACTCCATGCcagtggatggttacattgtaagttgagt
tgttaatgacattaaccacaagagtgtcgccttctctaacgtttatcgttgggccgggaagact
tccattag
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence CAGTGGATGGTTACATTGTAAGTTGAGTTGTTAATGACATTAACCACAAGAGTGTCGCCTTCTC
TAACGTTTATCGTTGGGCCGGGAAGACTTCCATTAGCTGCCGGTATTATTTGCTCCTTGCATAA
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TGGTTTAGGGAAAGGGTAAGGACGGCCGGATCGGGGACGGATAATTAGAGCCCCGTGAATAGTG
GCACGTAGATTAACGACGTGTGCATGCCACAACAATGTACCTTCTTGTCCGGTGATATCAAATT
GATACGTGAAATTGTTACTTGGTTGAATCGGACATTGAGTTATCATATTCGCACCGTCCATCCA
TACGCTCTTCAGCTGAAAAACTCCATGC
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.465388155
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Ye et al., 2015;Chu et al., 2017