Detail information of Solyc02g021620.2_circ_g.1


General Information
CircRNA Name Solyc02g021620.2_circ_g.1
ID in PlantcircBase sly_circ_000597
Alias NA
Organism Solanum lycopersicum
Position chr2: 23304815-23309750  JBrowse»
Reference genome SL2.50.38
Type   ei-circRNA
Identification method CIRI; find_circ
Parent gene Solyc02g021620.2
Parent gene annotation protein_coding
Parent gene strand +
Alternative splicing NA
Support reads NA
Tissues leaf
Exon boundary   No-No
Splicing signals   GT-CA
Number of exons covered Solyc02g021620.2.1:5
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   AGTGGTTGTCAATGAGCAGCAAGTTGAGAAATTCCTGTATACCACTTTGAAGCTGAATTCAACG
ATTCTAAAATACTCGAGGATGGCTGCAGTTGTGTTTgctggaatcacggggttgagttcgggat
cttttaaggacaattggggtcctgcatatcagaggactagtaatgctggtattccagatcctaa
tggaaaga
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GCTGGAATCACGGGGTTGAGTTCGGGATCTTTTAAGGACAATTGGGGTCCTGCATATCAGAGGA
CTAGTAATGCTGGTATTCCAGATCCTAATGGAAAGATATACTGGAGTTTCAAGTAAGGCTTGCA
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ATTGTTCAGACTATGGGTCTTGGGAATCTCAAGCCAAACATTATTGTTATGCGGTACCCTGAGA
TATGGCGGCGTGAAAATTTGATTGAAATTCCTGCTACCTTTGTTGGAATAATAAATGACTGCAT
TGTTGCAAACAAGGCTGTAGTTATTGTGAAGGGTCTAGATGAATGGCCTAATGAGTATCAAAGA
CAGTATGGAACCATTGATTTGTACTGGATAGTCAGAGATGGTGGTCTTATGCTGTTGCTATCTC
AACTGCTTCTCACAAAAGATAGCTTTGAGGGCTGTAAGATCCAGGTTTTCTGCATTGCTGAGGA
AGATTCTGATGCAGAGGGACTCAAGGCCGACGTAAAGAAATTTCTTTATGACCTTCGGATGCAA
GCTGAGGTAATTGTCATTTCCATGAAGTCATGGGAAGGCCAAGGGGAGCAGCAAGAATCTATTG
AAGCATTCAGTGCTGCTCAGGGAAGAATAGCTAGTTATCTGGGAGAGATGAAAGAGAGAGCGGA
GAGGGATAAGACTCCTTTGATGGCTGATGGAAAACCAGTGGTTGTCAATGAGCAGCAAGTTGAG
AAATTCCTGTATACCACTTTGAAGCTGAATTCAACGATTCTAAAATACTCGAGGATGGCTGCAG
TTGTGTTT
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.184295864
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Yang et al., 2020