Detail information of Os04g0465000_circ_g.1


General Information
CircRNA Name Os04g0465000_circ_g.1
ID in PlantcircBase osa_circ_024112
Alias NA
Organism Oryza sativa
Position chr4: 23230618-23233557  JBrowse»
Reference genome IRGSP-1.0.38
Type   ue-circRNA
Identification method CIRCexplorer, KNIFE, PcircRNA_finder
Parent gene Os04g0465000
Parent gene annotation Sterile alpha motif SAM domain containing protein. (Os04t0465000
-01);Similar to OSIGBa0130P02.4 protein. (Os04t0465000-02)
Parent gene strand +
Alternative splicing Os04g0465000_circ_g.2 Os04g0465000_circ_g.3 Os04g0465000_circ_g.4
Support reads 2
Tissues seed
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered Os04t0465000-02:4
Os04t0465000-01:5
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TTTCTTTCCTTATTGTTTATTATTTGTTTGCCCACAGGTGGATATGGCTGCATTGAGTCAGATG
GGAGACAGTGACCTGAAGGAAATAGGGGTACCAATGgttgtcaaaaggcgagctgtatctgaca
ttgataatgatgatggtgtgcacttaggaagaaaacgatctgtgagggacagactaggaaataa
tatggttg
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GTTGTCAAAAGGCGAGCTGTATCTGACATTGATAATGATGATGGTGTGCACTTAGGAAGAAAAC
GATCTGTGAGGGACAGACTAGGAAATAATATGGTTGGTTCTGAGTCGTATGATGGCCAGCAGCG
TAACAAAAGGTATCTGTCTTGGACCTACAAAGTTAATTGTGGGAAAAGCCTTTCTTGCCCGACA
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TGACATTGCTGTATGCAATTTTGCAGCCAGAAGTACCGCTAACAGTTACTGGGTTGCTGAATTC
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TGGATAATCATTTCTGTTAACCATGGAGTACCTTACTGGCTCATGTATTAGTATTTGAATGCCT
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GAGTGTTCACTGGCGATGCCAATGTTTCTTTCCTTATTGTTTATTATTTGTTTGCCCACAGGTG
GATATGGCTGCATTGAGTCAGATGGGAGACAGTGACCTGAAGGAAATAGGGGTACCAATG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.10343392
Functional Information
Coding potential Y
Potential coding position 23230712-23233554(+)
23232133-23233517(-)
Potential amino acid sequence MVGSESYDGQQRNKRRQIETNGLQHGDNDCQVGRDDLRLKLMKKGLSSNGGAEQNGVDLREKLS
RKPKNIRRYDARGHVPESRSRYDGRDKIPELRSRYGMRERLPEPRTSALPSRIPSARSMDDLLK
LDSSREAYSSWSGNLRHRSPEKLKSARRDMSPSRTYDHIRSMPPIRSAGTSRTSGLITRDAPDA
LRTQPYAGKSTISIDTTQPANGVASSATVMPTAPVMPEVPLTVTGLLNSLGLEKYVFLFHAEEV
DMAALSQMGDSDLKEIGVPMVVKRRAVSDIDNDDGVHLGRKRSVRDRLGNNMVGSESYDGQQRN
KRRQIETNGLQHGDNDCQVGRDDLRLKLMKKGLSSNGGAEQNGVDLREKLSRKPKNIRRYDARG
HVPESRSRYDGRDKIPELRSRYGMRERLPEPRTSALPSRIPSARSMDDLLKLDSSREAYSSWSG
NLRHRSPEKLKSARRDMSPSRTYDHIRSMPPIRSAGTSRTSGLITRDAPDALRTQPYAGKSTIS
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KIPELRSRYGMRERLPEPRTSALPSRIPSARSMDDLLKLDSSREAYSSWSGNLRHRSPEKLKSA
RRDMSPSRTYDHIRSMPPIRSAGTSRTSGLITRDAPDALRTQPYAGKSTISIDTTQPANGVASS
ATVMPTAPVMPEVPLTVTGLLNSLGLEKYVFLFHAEEVDMAALSQMGDSDLKEIGVPMVVKRRA
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RLPEPRTSALPSRIPSARSMDDLLKLDSSREAYSSWSGNLRHRSPEKLKSARRDMSPSRTYDHI
RSMPPIRSAGTSRTSGLITRDAPDALRTQPYAGKSTISIDTTQPANGVASSATVMPTAPVMPEV
PLTVTGLLNSLGLEKYVFLFHAEEVDMAALSQMGDSDLKEIGVPM(+)
MLLAEGIRLGRADVLGSGSLSLMPYLDLNSGILSLPSYLDLDSGTCPLASYLRIFLGFLESFSR
RSTPFCSAPPLLDKPFFISFNLKSSLPTWQSLSPCCKPLVSICRLLLRCWPSYDSEPTILFPSL
SLTDRFLPKCTPSSLSMSDTARLLTTIGTPISFRSLSPI*(-)
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Chu et al., 2017