Detail information of Csa2G009280_circ_g.4


General Information
CircRNA Name Csa2G009280_circ_g.4
ID in PlantcircBase csa_circ_000794
Alias Chr2:1541575_1545801
Organism Cucumis sativus
Position chrChr2: 1541575-1545801  JBrowse»
Reference genome Cucumis sativus v1.5
Type   e-circRNA
Identification method CIRI2
Parent gene Csa2G009280
Parent gene annotation NA
Parent gene strand +
Alternative splicing Csa2G009280_circ_g.6
Support reads NA
Tissues leaf,root
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered Csa2G009280.1:4
Csa2G009280.2:4
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TGATGATGGAGAAGTGCAGGATGAATTTTATGATGCAATTGCTGCCGATTCATCATCTTCGGAA
GAGGAAAGTGATAATGATAAAGAACTTAACAATAAGatcccaatgcaaaagagactttatcttc
tcccgacaatggtttagaggacaagatggaacatatagtaagagaaatattgtgtactattatt
atgctact
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence ATCCCAATGCAAAAGAGACTTTATCTTCTCCCGACAATGGTTTAGAGGACAAGATGGAACATAT
AGTAAGAGAAATATTGTGTACTATTATTATGCTACTCTGTTTTTGTTAAGAAGCAGCTCATAGT
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TCTGATTATATTTCATTACTACCTGTATAGACAATAGTTCGTTTGTAGCTATCCCTTCCAAGAA
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TATTATGTCCTTTGTCTGCTTTGCCCAAATAAGTATTCAGTATTTACTTCTTTGCTATCTGGAA
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GAATATGTTTTGGCAAATCCTGCTCTAAACTATGAAAACCTGCCCACTGTTGTCCGTTCAAAAA
TCTCAGATGGCTCTACTACGAACAGTGACTATGATGATGGAGAAGTGCAGGATGAATTTTATGA
TGCAATTGCTGCCGATTCATCATCTTCGGAAGAGGAAAGTGATAATGATAAAGAACTTAACAAT
AAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.091038422
Functional Information
Coding potential Y
Potential coding position 1544903-1541616(+)
1545639-1541616(+)
Potential amino acid sequence MGSNAPKCLVTQILEIQPAGWFKWQRNHPSKFEKSVPYALLCQVAGLKEYVLANPALNYENLPT
VVRSKISDGSTTNSDYDDGEVQDEFYDAIAADSSSSEEESDNDKELNNKIPMQKRLYLLPTMV*
MKTCPLLSVQKSQMALLRTVTMMMEKCRMNFMMQLLPIHHLRKRKVIMIKNLTIRSQCKRDFIF
SRQWFRGQDGTYTILQVPCSHKKKPPRSGYRRSRINPSTWEIRCLNTAMGSNAPKCLVTQILEI
QPAGWFKWQRNHPSKFEKSVPYALLCQVAGLKEYVLANPALNYENLPTVVRSKISDGSTTNSDY
DDGEVQDEFYDAIAADSSSSEEESDNDKELNNKIPMQKRLYLLPTMV*
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zhu et al., 2019