Detail information of BGIOSGA007735_circ_igg.1


General Information
CircRNA Name BGIOSGA007735_circ_igg.1
ID in PlantcircBase osi_circ_012646
Alias Chr02:5476636_5481244(MH63RS2)
Organism Oryza sativa ssp. indica
Position chr2: 6362360-6366968  JBrowse»
Reference genome Oryza_indica.ASM465v1.42
Type   igg-circRNA
Identification method CIRI2
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing NA
Support reads NA
Tissues root, leaf, panicle
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   GT-CA
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   ATCACTGACACTGATCAGTTCCGTGAACACCGAATCGCCTTGATTTGATTCTGACTTACCTGCT
GGCACTACCAGTGCCAGATTGTAACTTGTAACACTGggtcagagtataatccagatcagtattt
atgggagacggagtttatccttgctgggcgcaagtacaaacgactagacttggaggcaagtaag
ggaaccaa
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GGTCAGAGTATAATCCAGATCAGTATTTATGGGAGACGGAGTTTATCCTTGCTGGGCGCAAGTA
CAAACGACTAGACTTGGAGGCAAGTAAGGGAACCAATTGTCGAGGTTTTTTTCTTTAATTCATT
TACTGGGAGAAGTTTGACTGCAATTATGGACATCTTTGTTGATAGCCTTATTCTGCCTTTACCA
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ATTGCCTCCATCCCAAAAAGACCTTATTGTGCATAGCAAGAAATGAAGTCTTTCTGGGAAGGAG
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CTCTTAGTTGCAGTAATTTTAAATGCTTGCTCGCTCCTACAATTGTGGCTGACTTTGTGTTCTC
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TGCAGTTCATCAATAGATGCATCGAAATTTCCAAATGGTGTGTTACGTTCCGCTCTTTTGCTTC
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TGGTAGGATTGCTAATGATACGTTCGTGCCTGATATGCAATACCCTTTCCTGACTGTTCGATTA
AATGCAGGATTTTCTTTTAGACGAGAATCGCACCCTCTCAGAAATTGATGGTGATAGTGCTGGG
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CCTCTTTAGGGGGAGCTAGTGACGACTCATTCCCTGGCGATATTAGTGATAAGCAAGAGGTAAG
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TTGGATGTGAGGTAATTATGATAAATATTTTGCATGATATTTAGATTAATACTGTTATATAGCT
TAAGTTGATTAGCTTAGTGTTACTAATCGTTTATTTGGGTTTCTCTCAAATAAGTTCAATATTT
TTTCTCATTATAAAATCTCAGATACAGTAAATGTGTCTTGTAGAATATGACTGTAAAGGCTCTG
GCAACACCGCTAAGACAGAAAGACAGCAAATCAACAACCCCAAAAACAAAGGAGAAGAAGAAGT
CACTATGGAAGAAGCTTAACCGTGAGAGGGCAGGGGTGGGTGATAGTCTATCGCAACGTTTGAA
GATGTGCCTCAGTCATTCTTCTCGTCACAAGAGAGTCAAATCATCTGGGATAGTGTAACAACTT
ATTAGCCTTGACAAAGTCCATCTCAACGAATCACTGACACTGATCAGTTCCGTGAACACCGAAT
CGCCTTGATTTGATTCTGACTTACCTGCTGGCACTACCAGTGCCAGATTGTAACTTGTAACACT
G
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zhou et al., 2021