Detail information of Csa4G188950_circ_g.1


General Information
CircRNA Name Csa4G188950_circ_g.1
ID in PlantcircBase csa_circ_002512
Alias Chr4:9345737_9350514
Organism Cucumis sativus
Position chrChr4: 9345737-9350514  JBrowse»
Reference genome Cucumis sativus v1.5
Type   ue-circRNA
Identification method CIRI2
Parent gene Csa4G188950
Parent gene annotation NA
Parent gene strand +
Alternative splicing NA
Support reads NA
Tissues leaf,root
Exon boundary   Yes-No
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered Csa4G188950.1:7
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   AAACTTTTATTTGGTATCTACTTAATTTTATAGCAGTTGGAAGGTGCAAGACTTGATGGGGCAA
ATTTACTGGGAGCAATCAGGTGAACAGGCATTAAAGggactcatagacggaatcaatgatttat
taagtaaaaggaaggaagacgaggaacctcagtcagagctgaagcgtgttgatattatcaagtg
cattcagt
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GGACTCATAGACGGAATCAATGATTTATTAAGTAAAAGGAAGGAAGACGAGGAACCTCAGTCAG
AGCTGAAGCGTGTTGATATTATCAAGTGCATTCAGTCTGAGAAAGTTAGACTACGAGGGGTTAA
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ATGACATTTAGACGCCGTAAATAAAACAGGTTGAATGTAAGCTAAATTCACATCATAGGGCCGG
GTTAATGCTTTTACCATTATTGCAAAAAATTCAGGGTGCCGATCTAACTAATGCGAACTTGGAG
GGAGCTAATCTCGAAGGAGCTAATTTGAAGGTTAAATTTATTTGTAGCACTTTATTTATTCCCT
CAGCTTTGTAAACAAAAATTCCTGACCTCAACTACTTGTAGGGCGCAAAACTTCCCAACGCCAA
CTTGAGGAGTGCAAACCTACAACGAGCCTATTTGCGATATGTGAATCTCAGAGACACTGTAAGT
AAAGGCGATTGAATCGTAAAACCACATATACTTTGTTCATGCTCATTCTCTTTTAGTTCCTTTA
TTTTTCAAACTTTTATTTGGTATCTACTTAATTTTATAGCAGTTGGAAGGTGCAAGACTTGATG
GGGCAAATTTACTGGGAGCAATCAGGTGAACAGGCATTAAAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.090777757
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zhu et al., 2019