Detail information of POPTR_0008s03720_circ_ag.1


General Information
CircRNA Name POPTR_0008s03720_circ_ag.1
ID in PlantcircBase pop_circ_002268
Alias Chr08:2084732|2089489
Organism Populus trichocarpa
Position chr8: 2012872-2017636  JBrowse»
Reference genome Populus trichocarpa genome v3.0
Type   ag-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing POPTR_0008s03720_circ_ag.2 POPTR_0008s03720_circ_ag.3
Support reads NA
Tissues stem cambium
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   AA-AA
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GGATACGAATCCTTCATCCTCTTATCAACCCACTTCCTCAATTCACCCCCACCAACAGCCATCA
CCTCCCTTGCCCTCTCAATAACACTAATTCTCTTATaaactccaccccccttatcaaacacata
tcgcaacgcctcctccccagacaccaactccaaaatcaccaccccgaatgcatacacatcacat
ttctgagt
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence AAACTCCACCCCCCTTATCAAACACATATCGCAACGCCTCCTCCCCAGACACCAACTCCAAAAT
CACCACCCCGAATGCATACACATCACATTTCTGAGTCACAAATCCACTTGCCTGAAACTCCGGC
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ACTCTTAACGAGGCGCCAATGAGACTGAGAAATCAGTAGGCAAACCAATCTTTTCAGCCCAATT
CTTTGACTCCAAATACAATCTAGACACTCTACCATCAACCAGCCCCATATCCGGCCGCTTCTCT
GGATCATCATCCACACATTCCAATCCCAACAACAACATCTTCTCTGCAACTTCAACTGGATACG
AATCCTTCATCCTCTTATCAACCCACTTCCTCAATTCACCCCCACCAACAGCCATCACCTCCCT
TGCCCTCTCAATAACACTAATTCTCTTAT
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.78292852
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zheng et al., 2020