Detail information of Os01g0273800_circ_g.1


General Information
CircRNA Name Os01g0273800_circ_g.1
ID in PlantcircBase osa_circ_001294
Alias NA
Organism Oryza sativa
Position chr1: 9489492-9492600  JBrowse»
Reference genome IRGSP-1.0.38
Type   i-circRNA
Identification method CIRCexplorer
Parent gene Os01g0273800
Parent gene annotation FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase doma
in containing protein. (Os01t0273800-01)
Parent gene strand +
Alternative splicing NA
Support reads 1
Tissues shoot
Exon boundary   No-No
Splicing signals   AT-AG
Number of exons covered 0
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   AAGATTTCGAGATTTTTTCTACACGCATAACTGTAGTACGTCGTCCTTACTCCTTAGCGAGGTA
ATCTCAGTGACCATTCTGGTTAATCATGCAATCTAAgtcagctagcttgcttagctcttgtctc
ctatactagcttaattataattaattcgtttcaatcgtttccaaattaaattcgatttgccatt
aaaacgag
Assembled circRNA sequence   Yes
Full-length trsnacripts Transcript length: 3109
Transcript exons: 9489492-9492600
GTCAGCTAGCTTGCTTAGCTCTTGTCTCCTATACTAGCTTAATTATAATTAATTCGTTTCAATC
GTTTCCAAATTAAATTCGATTTGCCATTAAAACGAGCGAATTTCAAGCTCTGTTTATTTGTCCC
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Genomic sequence GTCAGCTAGCTTGCTTAGCTCTTGTCTCCTATACTAGCTTAATTATAATTAATTCGTTTCAATC
GTTTCCAAATTAAATTCGATTTGCCATTAAAACGAGCGAATTTCAAGCTCTGTTTATTTGTCCC
TCGTTTAATTTGCTTATAATTAATTATTTTTGATTTACCAATTAATTAATCGAATTTGTACCTT
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GCTCTGTAATTAATTAAAACCATCCACGTTTTCTTCCTTTCCAATGGATCGATCAGTACATGTG
GTTATTAATCACCAGGGTTAATTACTTCATTACTCCCTAGTGTTGCTGGTACTACGTAGTAGTA
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TCTTATAAAAAACATATAGTTGGTGGGAGTGGTTGACATATAGGTCCTCTAGACCCACATGCCA
TTTTTGCTAAAAAGAAAAGTTAGGAGTTGGTGGGGGGTCGGTGGCGGAACAAGAACCACCACTA
CTCGAGTATAGATAAACTTTTTTTTAAAAAATAAAAATATAATTATATGAAAGAGCTTTTTATG
AAAAATCTATTAATATAAAATTTCATTTTGATTTTTTAAAATATTTTAATATTTAGTAATGATT
TAAGATTTCGAGATTTTTTCTACACGCATAACTGTAGTACGTCGTCCTTACTCCTTAGCGAGGT
AATCTCAGTGACCATTCTGGTTAATCATGCAATCTAA
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.33140975
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Chu et al., 2017