Detail information of Csa3G170010_circ_g.9


General Information
CircRNA Name Csa3G170010_circ_g.9
ID in PlantcircBase csa_circ_001630
Alias Chr3:11302677_11307549
Organism Cucumis sativus
Position chrChr3: 11302677-11307549  JBrowse»
Reference genome Cucumis sativus v1.5
Type   e-circRNA
Identification method CIRI2
Parent gene Csa3G170010
Parent gene annotation NA
Parent gene strand +
Alternative splicing Csa3G170010_circ_g.2 Csa3G170010_circ_g.3 Csa3G170010_circ_g.4 Csa3G170010_circ_g.5 Csa3G170010_circ_g.6 Csa3G170010_circ_g.7 Csa3G170010_circ_g.8 Csa3G170010_circ_g.10
Support reads NA
Tissues leaf,root
Exon boundary   Yes-No
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered Csa3G170010.1:4
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GGTTTATCTTTGCAGAAAATGGGTCCTCTCATAATCTTACCTTCTGGCGTCCTCGAGCTCCATC
AAATTATGTTATATTAGGAGATTGTGTGACTTCACGaatggttctctcttgagaaagtatacgt
acctggggaatgatagcagctattctgtgtccaaagaggatggtgttgatattattctggatac
cctttcat
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence AATGGTTCTCTCTTGAGAAAGTATACGTACCTGGGGAATGATAGCAGCTATTCTGTGTCCAAAG
AGGATGGTGTTGATATTATTCTGGATACCCTTTCATCTGATGAAGAGAAGAAGAATACTGCATC
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CTCTTGTGAAGGATTTCACCATTGAGGCTGGTTCAGGACTAGTTATTCTTGATCCAGTTGATGT
TTCTGGGGGATATACATCTGTAAAGGACAAAACCAATATTTCTCTTGTTACAACCGATATCTGC
ATCCATCTCTCATTGAGTGCCATTTCCCTCATACTTAATCTGCAAAGTCAAGCTGTTGAAGCAA
TGATGTTCGGAAATGCTGTACCTCTTATTGCCTGTACCAATTTTGATAAGCTCTGGGTGTCACC
AAGAGGTTCTTAATTTAACTGGAATAATTAAATTTTTGCTCCCAATAAAATTTGTTTTTGAAGT
CAACTTTATTAACTAGTAACCATTTACTATCGGAAGATTCTGGCTGGTTATCTGGTTCTTTGAA
CCATAATGAATTGATTACTTTCATCGTTGCAACTGTTGGTTTATCTTTGCAGAAAATGGGTCCT
CTCATAATCTTACCTTCTGGCGTCCTCGAGCTCCATCAAATTATGTTATATTAGGAGATTGTGT
GACTTCACG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.594143502
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description responsive to salt stress in root
Other Information
References Zhu et al., 2019