Detail information of Os03g0138700_circ_g.2


General Information
CircRNA Name Os03g0138700_circ_g.2
ID in PlantcircBase osa_circ_017851
Alias NA
Organism Oryza sativa
Position chr3: 2133740-2136109  JBrowse»
Reference genome IRGSP-1.0.38
Type   i-circRNA
Identification method CIRCexplorer
Parent gene Os03g0138700
Parent gene annotation TGF-beta receptor, type I/II extracellular region family protein
. (Os03t0138700-01)
Parent gene strand -
Alternative splicing Os03g0138700_circ_g.1
Support reads 1
Tissues shoot
Exon boundary   No-No
Splicing signals   CA-TA
Number of exons covered 0
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   CAAAAAAGTGCTTCAAAATGGTACATTTTTGCCATTTTAGAGAATCTAAACAGGGCCTAATTAA
GAAAATTAAAAAAAGGGTGAAGTTAGACGGTGATACtcatctccagtagcatgtgattttgcac
aaattggtagccatactaccatgctttacatcgttaactttaatcatccttgtacatcttctct
tctgcttt
Assembled circRNA sequence   Yes
Full-length trsnacripts Transcript length: 2370
Transcript exons: 2133740-2136109
TCATCTCCAGTAGCATGTGATTTTGCACAAATTGGTAGCCATACTACCATGCTTTACATCGTTA
ACTTTAATCATCCTTGTACATCTTCTCTTCTGCTTTGTAATTACTACTCCCTCCATTCCATAAT
ATAGCAATCTAGTACCGGATGGGACATATCGTAGTGTCCAGATTCATTGTACTATAAGATCTGT
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AAAATTAAGCACGATAAGCCTTACTATAGACTTAAAGCTGCATGACAGCTATATATTTCCTACC
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TTTTAGCATTTCCCACATTCATAGTGATGTTAATGAATCTAGATAGATATATATATATCTAGAT
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AGTAACTCCATGCAAATACGACAATTCGTCCATCCATTGATGCTAATCATCTAATCTAACGATT
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TTTTAGAGAATCTAAACAGGGCCTAATTAAGAAAATTAAAAAAAGGGTGAAGTTAGACGGTGAT
AC

Genomic sequence TCATCTCCAGTAGCATGTGATTTTGCACAAATTGGTAGCCATACTACCATGCTTTACATCGTTA
ACTTTAATCATCCTTGTACATCTTCTCTTCTGCTTTGTAATTACTACTCCCTCCATTCCATAAT
ATAGCAATCTAGTACCGGATGGGACATATCGTAGTGTCCAGATTCATTGTACTATAAGATCTGT
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TTTTAGCATTTCCCACATTCATAGTGATGTTAATGAATCTAGATAGATATATATATATCTAGAT
TCATTAACATCAATATAAATATAGAAAATGTTAGAATGACTTGTATTGTAAAACGGAGGAAGTA
GAGTTTTTGCAGGTAAGCAGTAATCACGTGAGCTACTAATCATTAGTTTGGGAGAAGCAGCGTG
GTTTAATTTCTGCGTAAGTGAAACGTGCTAATTGTAAGGTGCAGCGCAGGGCAGTCTCTGACTT
GGCCCACTAGTGAGTCAAACAAAAACTGCAGATCGATTTGCTTACCAAGTCCACTCTCTAGTCT
AGTAACTCCATGCAAATACGACAATTCGTCCATCCATTGATGCTAATCATCTAATCTAACGATT
GAGGAGACTAAAATTCAAATCATCGGAAAATCATTGAGTAATATCTGCACGGGCTACTTACCAA
ACATATCTTGCTAGCTAAATAGCTTCTCAATACGATGATTAAAGGCATTTTAGATTAATTTGGA
ATGGCAAATGATAAATGGCAAAAGTTTTGGCAGTAAAAGTTTTGGCATTGCAAAAGTAATAGTT
GGTGTTTAGATGTATCCTAAACTTTTGTTATTCTAGTACTTTTTGGTGTGGGGAGAGAGTGGTT
CCAAATCACTTTTTGGCACAATTTACTACTATGGACTAGCAAATGTCAAAAAGCAAATTGCCAA
CTTTTACTATTAGTGTTTAGATAAAAATAACAAAAAAGTGCTTCAAAATGGTACATTTTTGCCA
TTTTAGAGAATCTAAACAGGGCCTAATTAAGAAAATTAAAAAAAGGGTGAAGTTAGACGGTGAT
AC
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.302218923
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Chu et al., 2017