Detail information of BGIOSGA015478_circ_g.5


General Information
CircRNA Name BGIOSGA015478_circ_g.5
ID in PlantcircBase osi_circ_015132
Alias Chr04:9527089_9533420(MH63RS2)
Organism Oryza sativa ssp. indica
Position chr4: 7565266-7570232  JBrowse»
Reference genome Oryza_indica.ASM465v1.42
Type   ei-circRNA
Identification method CIRCexplorer2
Parent gene BGIOSGA015478
Parent gene annotation NA
Parent gene strand -
Alternative splicing BGIOSGA015478_circ_g.3 BGIOSGA015478_circ_g.4 BGIOSGA015478_circ_g.6 BGIOSGA015478_circ_g.7
Support reads NA
Tissues root, leaf, panicle
Exon boundary   No-Yes
Splicing signals   CT-AA
Number of exons covered BGIOSGA015478-TA:4
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   AATAACATATACTAATACTTACAGGAACAGACACTATTAGGGGATAAAGAGATTGCTCTGCATA
ATATGTGACCTGATGTGGGGTGCCATGCAAAGGGACaagtaaattcaataaagtctaaaagtaa
tttatatatatgataaaagtaacttagtatataataaaagtagtttacaaacataaataatttt
ttcatcat
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence AAGTAAATTCAATAAAGTCTAAAAGTAATTTATATATATGATAAAAGTAACTTAGTATATAATA
AAAGTAGTTTACAAACATAAATAATTTTTTCATCATAATATAATCATGTAAGATCTTGTTGTAC
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TTTGCACATTTGGAAGCTTAAATGAGCAGCTTTGAATAACTGATACAACATATTTACATATCAT
TAATAGTAGGTCATAAATTTCTTCTTACATAGTGATGTGACACTTTCACAATGTTGTTGCAGCG
AATAAGGGAGTGAAAAAAAAGTTTTGCATGGAGATTTTTAACATATATATGTCTAATACGTATG
TCATGTGATCAAACTCATCCAACATACATGCAAATTAGATGAAAAACCACTTTGCAAAATCACC
TTAGGGGGTTGTATAAACTGTATTGTTTAGTTTGGGGGTTTGAACGTCCGGTTTTAAAGTTCAA
TATGCTAGATGGACTCTCAATCAAAGTTTAGGTGGCGGAGGGTGTTATTTGGACTTTATGTGTT
GAACATATTCGAAAATGCCTCAAAAACATAATTAGATGCCAATGATAAATTATGTTAGAATTGC
AGTAATAACATATACTAATACTTACAGGAACAGACACTATTAGGGGATAAAGAGATTGCTCTGC
ATAATATGTGACCTGATGTGGGGTGCCATGCAAAGGGAC
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zhou et al., 2021