Detail information of Zm00001d012865_circ_g.1


General Information
CircRNA Name Zm00001d012865_circ_g.1
ID in PlantcircBase zma_circ_001856
Alias circ851
Organism Zea mays
Position chr5: 1350344-1355092  JBrowse»
Reference genome AGPv4.38
Type   ui-circRNA
Identification method CIRI
Parent gene Zm00001d012865
Parent gene annotation LUC7 related protein
Parent gene strand +
Alternative splicing Zm00001d012865_circ_g.2 Zm00001d012865_circ_g.3
Support reads 2
Tissues seedling leaves
Exon boundary   No-Yes
Splicing signals   GT-CA
Number of exons covered Zm00001d012865_T031:6
Zm00001d012865_T024:6
Zm00001d012865_T019:6
Zm00001d012865_T016:6
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Zm00001d012865_T010:6
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Zm00001d012865_T017:6
Zm00001d012865_T022:6
Zm00001d012865_T005:5
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GTGCCTACATAATTGCTAATGATTCTTTGTTTATTTTATAGACTGATCAAAAATTACGCCTCTG
TGACATATGTGGAGCATTTCTGAGTGTATATGACAAgacggatgacatactgcagctgtcaaaa
cagataaaggagaaaatggcagaagttgatgcctttggtaattcctctatttatattttgcatt
ttttgtcc
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GACGGATGACATACTGCAGCTGTCAAAACAGATAAAGGAGAAAATGGCAGAAGTTGATGCCTTT
GGTAATTCCTCTATTTATATTTTGCATTTTTTGTCCACTCTACTTTTACTGCATTTACAAAATA
ACAGTTTGAGGCAGAATGACAGATTCAACAATAAGTTTAATTATGCTGGGAGGACACATATCTT
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TGTGTGAGCTGCTCACCTGTGCAGGAAGTTCGGTTGCCAACACACACACTCCTAAAAACTTATT
CAGAATGTTCAGTTCATCAGACTGGATTCGTATATAACTGAACATTTTTGCTAAATCTGTAGGC
GAATGGTTCTTTATCCAAATGTTCATGCAGCCAAGAAGATGCACTCTAGTTTCACGCATAATTA
AAATCATTCCTTGCATAAACCATAACTAAGAGCACAAGCTAGATACATAAAAAAGCATACACAC
ATCATACATTTGTTATCTGTGGCATCAAAAAAGTTTTTTAGTTATTGGTATCAGTATAACATGA
TGTATTGATCTGAATTATCAAGCACCCAACTGAACGGTATATCTGAATTATCAACTACTTAGTA
AATGCATTATGTTGTTAGTGTATCAAGCAACAAGCATATTATGGGACATATCTCACTGTCACTG
GTTATATTGTATATGACATTATTACTGCAATTCACAAGCAAGTGCCTACATAATTGCTAATGAT
TCTTTGTTTATTTTATAGACTGATCAAAAATTACGCCTCTGTGACATATGTGGAGCATTTCTGA
GTGTATATGACAA
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.012514308
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Chen et al., 2017b