Detail information of LOC18048417_circ_ag.1


General Information
CircRNA Name LOC18048417_circ_ag.1
ID in PlantcircBase ptr_circ_000195
Alias circRNA195
Organism Poncirus trifoliata
Position chrNW_006262339.1: 44888196-44893015  JBrowse»
Reference genome Citrus_clementina_v1.0
Type   ag-circRNA
Identification method CIRI
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing NA
Support reads NA
Tissues shoots
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TCAGACTGAACGACACTTTCTGAAACACAATGATGCCGGGTCTTGGATCCAAGATTCTGCATTA
ATGTTGTCAATGAGCAAGGAGGTTCCATGGTATCTAgatgatgggactggccgtgcatttgtag
tgggagcccgtggtgccacaggttttgtattgactgttggaagtgaagtttttgaagagtcagg
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Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GATGATGGGACTGGCCGTGCATTTGTAGTGGGAGCCCGTGGTGCCACAGGTTTTGTATTGACTG
TTGGAAGTGAAGTTTTTGAAGAGTCAGGACGATCACTTGTACGTGGAACATTAGACTACCTCCA
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TCTGGAAGAGTTGGCTCTGAAACACCAATTAGCTGTGAATATAGTGGGTTGAGAGGCGTGATTG
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AACGTTCCTTTTTGTATGAATACATAAACATTCTTGTCCTTTGGTTCTTCAGACTGAACGACAC
TTTCTGAAACACAATGATGCCGGGTCTTGGATCCAAGATTCTGCATTAATGTTGTCAATGAGCA
AGGAGGTTCCATGGTATCTA
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description playing an important role in the early flowering process
Other Information
References Zeng et al., 2018