Detail information of Csa2G075430_circ_g.1


General Information
CircRNA Name Csa2G075430_circ_g.1
ID in PlantcircBase csa_circ_000901
Alias Chr2:6203029_6207472
Organism Cucumis sativus
Position chrChr2: 6203029-6207472  JBrowse»
Reference genome Cucumis sativus v1.5
Type   e-circRNA
Identification method Find_circ
Parent gene Csa2G075430
Parent gene annotation NA
Parent gene strand +
Alternative splicing NA
Support reads NA
Tissues leaf
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered Csa2G075430.1:5
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   AATTTGCCCTTTGTGCTCAGATAAACGAGCAAATCCATCAGTTGTCACTGTCTCTGGCTTTGTC
TTTTGTTACACTTGCATCTTCAAGTATATTTCACAAgtctatcgtttgcttaccaactgttata
tttgttggatgctactggattctattcactgggactgcaggtcattggagttcatgtctgtcgg
gctacagg
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GTCTATCGTTTGCTTACCAACTGTTATATTTGTTGGATGCTACTGGATTCTATTCACTGGGACT
GCAGGTCATTGGAGTTCATGTCTGTCGGGCTACAGGACAAGAGCTGGTAATTTTTTAAATTCTT
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GGGTGTGATGTATGTATACATCTATATAATGTGCATGAAGTTGTATTACCCATTCAAATACAAG
CTGTGTTGATATAAACAGGTAGCCAAGGAAGGGATTCCACTGCCGCCCAACAGAACAATTTGCC
CTTTGTGCTCAGATAAACGAGCAAATCCATCAGTTGTCACTGTCTCTGGCTTTGTCTTTTGTTA
CACTTGCATCTTCAAGTATATTTCACAA
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.098622517
Functional Information
Coding potential Y
Potential coding position 6203528-6203136(+)
Potential amino acid sequence MDTSSRISKIRSHERERLRGPPWLKAIQGGLLTCLYTMLDYAQTGLIAAVFFFKMMEWWYQSAE
ERMSAPTVYPPPPPPPPPKVAKEGIPLPPNRTICPLCSDKRANPSVVTVSGFVFCYTCIFKYIS
QVYRLLTNCYICWMLLDSIHWDCRSLEFMSVGLQDKS*
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References He et al., 2020