Detail information of POPTR_0008s12860_circ_ag.2


General Information
CircRNA Name POPTR_0008s12860_circ_ag.2
ID in PlantcircBase pop_circ_002377
Alias Chr08:8504012|8508400
Organism Populus trichocarpa
Position chr8: 8368133-8372525  JBrowse»
Reference genome Populus trichocarpa genome v3.0
Type   ag-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing POPTR_0008s12860_circ_ag.1 POPTR_0008s12860_circ_ag.3 POPTR_0008s12860_circ_ag.4 POPTR_0008s12860_circ_ag.5 POPTR_0008s12860_circ_ag.6
Support reads NA
Tissues stem cambium
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   GG-AT
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TTCAGTTTTATCTCCTCTGAATAACGTGTTAATTTAAATAAAAACAAGATCCAGCAGATACAAT
CCCATCATGTTGTTCAAATAAAAACATCATTTGGATggtgcgtgatagatgaaaacgaagcgtg
ggatttgttcattgcaatgtctgacacgaaaccctctccttgcaacagtaacagtagtagtagt
agcaactg
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GGTGCGTGATAGATGAAAACGAAGCGTGGGATTTGTTCATTGCAATGTCTGACACGAAACCCTC
TCCTTGCAACAGTAACAGTAGTAGTAGTAGCAACTGATTTCATTTCAGAATGCCCCTCTGAAGC
GTGGGATTTGTTCATTGCAATGCCTGACACGAAATCCTCCCCTTGCAACAGTAGCAGTAGTAGC
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TTTATGGTGAATTTCCCAGGAACCTTGAGATTTCATATGGTAAAAGGTGAAGTGTGTCTGATGA
CAATCTGTCGCGTCTACAGAAGCATCTATGGATGGTAGAATGGATAGCGGAAATTGGATAAGAT
GGTATTTCAGTTTTATCTCCTCTGAATAACGTGTTAATTTAAATAAAAACAAGATCCAGCAGAT
ACAATCCCATCATGTTGTTCAAATAAAAACATCATTTGGAT
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.106235073
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zheng et al., 2020