Detail information of Chr3_circ_ig.153


General Information
CircRNA Name Chr3_circ_ig.153
ID in PlantcircBase csa_circ_002204
Alias Chr3:38159556_38164454
Organism Cucumis sativus
Position chrChr3: 38159556-38164454  JBrowse»
Reference genome Cucumis sativus v1.5
Type   ig-circRNA
Identification method CIRI2
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing Chr3_circ_ig.150 Chr3_circ_ig.151 Chr3_circ_ig.152 Chr3_circ_ig.154 Chr3_circ_ig.155 Chr3_circ_ig.156 Chr3_circ_ig.157
Support reads NA
Tissues leaf,root
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   CGACTGTCTTTGATGTTTCTCTCGACTCCACGGAACTGGAGCTTTACATCTCTGCCTTACATGA
TGTTTTGCAAGGAGAATCTGATGACTGGACAGCAAGggaatttgaacctatcagattgcttagc
ttgcagtttcttggtagacttttggttggtcttccttccgagaagaaaggactaagatttttca
atctacca
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GGAATTTGAACCTATCAGATTGCTTAGCTTGCAGTTTCTTGGTAGACTTTTGGTTGGTCTTCCT
TCCGAGAAGAAAGGACTAAGATTTTTCAATCTACCAAGTGGAAAAGCTAAATCTGTTCAAGAGA
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AATATAGTCACATTGACACATGAAAAACTTTTTGATTTTGTTAAAATGGTTGTCAGTCTGCTCA
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GGGCGAAGCATGTTCCAGTGAACTGTTGATTAAATTTTTCGGTTTATGTTTCTATTTATATGTT
GTGGTTTTGAGCTCCAGTTTTCTATCTCAAAATTTATTCATTGGAGCTCTATGCAGATTCTAGC
GACTGTCTTTGATGTTTCTCTCGACTCCACGGAACTGGAGCTTTACATCTCTGCCTTACATGAT
GTTTTGCAAGGAGAATCTGATGACTGGACAGCAAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.470777694
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description responsive to salt stress in leaf
Other Information
References Zhu et al., 2019