Detail information of orai.010G220200_circ_g.1


General Information
CircRNA Name orai.010G220200_circ_g.1
ID in PlantcircBase gra_circ_001157
Alias Chr10:58923081|58927468
Organism Gossypium raimondii
Position chrChr10: 58923081-58927468  JBrowse»
Reference genome Graimondii_221
Type   e-circRNA
Identification method CIRI
Parent gene Gorai.010G220200
Parent gene annotation NA
Parent gene strand +
Alternative splicing orai.010G220200_circ_g.2 orai.010G220200_circ_g.3
Support reads 4/18
Tissues leaf/ovule
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   AT-AC
Number of exons covered Gorai.010G220200.3:7
Gorai.010G220200.6:7
Gorai.010G220200.5:7
Gorai.010G220200.2:7
Gorai.010G220200.4:7
Gorai.010G220200.8:7
Gorai.010G220200.7:7
Gorai.010G220200.1:7
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   ACCTGTTCAATATTTTTATGCACTTTTAATCACAATGACTAAGATAAGATGTTTTCCATCATGT
TATGCAGGGGTTGGAGTTGGATTTACTTCTGCTCTAtcagtcagggtttagcctatcacctgta
agtagtagtaactctctttctattacttagtgttttttgcatattgttttttttcctgtaattc
tcatcccc
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence TCAGTCAGGGTTTAGCCTATCACCTGTAAGTAGTAGTAACTCTCTTTCTATTACTTAGTGTTTT
TTGCATATTGTTTTTTTTCCTGTAATTCTCATCCCCTTTTCTCTCCTTTGAGCAGAAACCCTTC
TTCTCTAACTTTGGAGCCATTGTCACATTTGCTATTTTTGGAACTTTTATAGCTTCAGTTGTTA
CTGGAGTTTTAGTGTGAGTATTTCTTTAGTACAGAAATATCTGTCTTTTTGTGCTGCAAGAGAT
CTCTTTTTCTCACCACTTTTTAATTCTCATGTTACAGGTATCTTGGTGGTCTTATGTACCTCAT
GTACAAACTCCCTTTTGTTGAATGCCTAATGTTTGGTGCTCTTATATCAGCGACCGACCCTGTT
ACTGTTCTTTCCATATTTCAGGTTTTTTTTTACGATTTTGGCTACCTATTTTAGGTGGGTTAAG
ACTATACAAAAACATAATTATGCTAATAGTCATGGCATATACCTCCTCCAACACCATATATTGC
AAATCAGTGAAGATTTATAGTAATTATTCAAATGATCCAAAAACAATAGTAACACTGACCTAAT
CAGTTGTTTGTGTGTGTGTTTTTTTTGTGATGTAGCTTAACCTGTATTCTCTTCATTGATGTAT
CACTATACCTCTTATTTTTGTTTTGGGAAAATTGATTTAATTTAACTTAAATTCCATTTAATTG
CTGCTTTTGCATCTTACATTTTTCCATTTGCTTTTGCTTCCCAAAAGACGGGTAAAAAGCAAAA
GGGAACAGAGAAAGAAACTACATTATGAGTAAGAATGAATGAATAACTAACATGCAACACTAAT
ATATCATAATTGTTTCTCAAAAGTATAACCATGCATTCTTATTCTCATAAAAAAAGTGTAAATT
TAGTTTTCAATTATTAACAAATATTAGTGTTTCTTTTGTATTAGTTAGTTAGTTTGTTCCTGCA
AAAGGCAAGCATCAAAAGCAAAAACCAAATAGGAACTCAGCAATAATATAATTGCTGAGCAACT
GTCCTTTTAGTCAGTAACCCGTACTTTGTTACATACAAAAAGATCTTCAATATATTCTTATCCC
CTAAACTCCCTTGCTTTTTAATACATTGGATTCTTAATTTTTGTAAATATGTATGGCAATTTTA
GTTTTTCAAAGGGTTTTTGCTACTGCCTGTTTCATTACTTCTAACAAAACGTCAAGTTGTAGGT
ATAGTGGCTGTGAGATATCAAAATTCCTTTTTTCTCCCTTTTGCCCCTTGAGGATTTATAACAC
TAGTGTTTAAGTAGTAAACACGTGAGCTATGTGATCGATCTGTAATATCTTAATTGTAGGAGCT
TGGCACTGATATGAACCTCTATGCTTTGGTCTTTGGGGAATCCGTCTTAAATGATGCTGTAAGT
TCTTGTAGCATTCTATTGATGGTTCATTGTTTCATGTTTCTAATATATTATGCTGCGCATGCAC
ATTATTTACTGGGTGAAATGGTTCTTTGCAGATGGCAATATCTTTGTACAGGTAAACTGAGTAC
TTGCATTTTTCCTTTGTAGTGGGAATTGTTTGTTCGGTTTCTAAATCATTTGTTGTTTCTATAT
GCAGAACAATGTCCGTTGTAAGAAGTAATGACCCGTCTGGGCAGAACTTCTTTATGGTGATTGT
CAGGTTTCTTGAGACCTTTGTTGGTTCTATGTCTGCAGGTCTGTCTTAATCTTTGGTCTTGCTG
GTACTTAGTGTATCTTTGTTATATATACACACTCATTAATCTCTGTTACATTATATATACACAC
TCATTAATCTCTGTTACATTATAATCTATGTACTAAATAATTCCTTTTAAATGGAAAAATAAAA
TAAAAATTTGCTGAACTTCGTCTTGCAAGTGAATTCATGGTAAATGGCTGCCTTTTTTGCCATC
TTTAATTTAACTCTAGTTTAGGTTTTTATGTCTTAGTTATCAGTATACCATTAATTGTTTCAGA
AGTGACCTAAACAATCATCGGTTTTCTTTGTTACAGTAGCCTCTATATATACATGCTAAAAATT
CTAACACTGGAAACTAACACAAAGCATGATATCCGGCCTGAATAATGGGCACTAACATAAAATA
TACCGGTTACTTCTAAATATCTATACCAAACACTAGTTAACAAGTTACTTCTAAAATATCTCTA
CCAATCACCAATCAACACAAATTACTCCTACAATATCTCTATGAAACCACAGTCAACGTCCCTT
GATTTCCACATTTGCAATGCAAAAACAAATAAAGACAAAACTCGACAAAATTCAAATAATGTAA
TAATTAGACACATGGTTGATTAAAACAACATAAGGAAGGTCTGATACCACTCTGAAGGTGTTTG
GTTGCAACATATATTGAAATACAAAAAATTTTACTATATGATTCATGACAGAAATAAGTAAAAT
CTATGGCGCACACTCCTTCTTGGACCATCTTCTGTCATTTCAATCAATCCTACCAAAAAAAAAA
AAAAAATCAGAATGCCTTCCTAATTGTAGTAGGAATTTTGAGATTTCTTGTTGATTTTGAACTC
TTCAGGTTCTTGCACATTGAGCTCAATTGTCTCAAACCAAGGCCATTTAAGTGTTTGCCTTTAA
AAGTGATCCACACGGGTGGCTTGGGAAACCTTCACAAGTTTAGGATCATAATTGACCAATAGCT
ATACTAATAGCCTCGGTTTTCAAAAACCCCTAGCATCAATTGATCTCCCTCAATGGGTGAACTT
TTCTACCTTCAAAGATGAGAAAGCAATCTTTTCTCTCCTATAGTAGTGTATGGCCGGAAAACAG
AACAAAAGACAAAGCCAAGCTCTCTCTATGTGTGTAGCTAGACAAGGCTTTTAATGCTAGGTCG
GGTGCAAATAAACTTTTGGTTTATTTGTGCTCAAGTCCTTGCATTGAATTGAGCAACTAAATTA
AGTGTCAAAGAAGTCTTAATTACATCAATTACACCCAATACTAGGTCTTTATGATCACCTTTGT
TTGTGTGGCCAATTAGGTCCCTAACAAGGTAATAAACAAAATCAATTCGGCTAGAAATTTAATT
ATTGATTGTTTATAGACTGCGAGCAGCATTTGGCAATGCATCATTGCCACCAAATGACAGGAGA
GCTAAAGTGGTTTGACAAGCCTTTCAATATACAGTATCTCAGTGTAATTTGATCATATGTCCAG
ATAAGGCAGCTACTGTATTAACCCTTAAGAGATAGCGCCTTGGCCTAAAGCTTCTGGCAACTTA
AGCTAAGAACTAGAGATATACCCCTCTTAGTTGGGGCTCTGGACCAGTCAAGATGTCTGTATGC
TACTTGTCATGTCCAAAATCACTTTACTAAAGACATTCATTGTTGGACCAATTAATGATGTAAT
CAAAGGACGAAAGTTAGCGAACAAAATGAGTTAGTGTAACAGGTTAAATGATTATTTACACTAT
TGACAAAATAGTGTTTCTATAGACACTAATACAAAATAGCAATGGAACTCCTGTAGTGGATCAC
ATTCAGCATACTTTGTTAACTAGTATGCACCCACATATTACACTCCATGCTTCAACCCATTAGA
ATGGTTGCATGCACCATGCATGAAAGCTTAACATGTATCAATCTTTGAGCATTGTCAATACTTG
TCCTGATAATACTAAGGACATTTTAGAAAATCGGCTTTAATGCTTAAAGATATCATAAATGTAG
CTTGTTTACAATTTCTTAAAAAGGCCAGTGGCTCTCATGGGCTTTTTCTACATAAGTTATTTAT
AATGTTTAATAATTTTACTTATGGATGAATAATTACTTCAATTAACTTAAATCATAATCTTTAA
TATAGAAAATTGTGATTGGCTTGTAGTAGGGCTTATGCTAACACAGATCTTATATAAAATAGGA
TTTAAGTGCAAGAAACATGAAAAGCCTTTTACATTCATCCTCCATCTTTTGATATATTGCTTTG
TCAAAAATAAAGACTCAATTTGCTGGCCCTGTGTTTAAAACCTTCTAAAACTTGACTCAATCTA
GTAACATAATTTTGAATTATATTGGTGAAGAATGAAGAGACTAAATATGCAGTACGGTAATATA
GTTTTTCATCCCAACAGATGCCTGATGCCGTGTACTGGTGAATGTTATCATTTTTCATTTTGGT
TAGCAAGAAACCTAGAGAGTAAGAACACACCTCATGGGAAAAATGGAAGACTACGTAAAAAGAA
TGAAAGAAAATGCTTTATCTCAATTTGTCCATGCATTTATTTTCTGTTACTCATTGATCTTTCT
ACCTGTTCAATATTTTTATGCACTTTTAATCACAATGACTAAGATAAGATGTTTTCCATCATGT
TATGCAGGGGTTGGAGTTGGATTTACTTCTGCTCTA
Conservation Information
Conserved circRNAs gar_circ_000924
PMCS 0.098671426
Functional Information
Coding potential Y
Potential coding position 58923390-58923092(+)
Potential amino acid sequence MYLMYKLPFVECLMFGALISATDPVTVLSIFQELGTDMNLYALVFGESVLNDAMAISLYRTMSV
VRSNDPSGQNFFMVIVRFLETFVGSMSAGVGVGFTSALSVRV*(+)
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zhao et al., 2017b