Detail information of BGIOSGA004539_circ_g.1


General Information
CircRNA Name BGIOSGA004539_circ_g.1
ID in PlantcircBase osi_circ_002441
Alias 1:35996115|36000383
Organism Oryza sativa ssp. indica
Position chr1: 35996115-36000383  JBrowse»
Reference genome Oryza_indica.ASM465v1.42
Type   e-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene BGIOSGA004539
Parent gene annotation NA
Parent gene strand +
Alternative splicing NA
Support reads NA
Tissues leaf
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered BGIOSGA004539-TA:8
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   CCATTTGGTATATTTCACAGAATGGACAAAGGAGCTACCCGCTGCGGCCTGAATTGATTGAAAG
CACATATTGGCTGTTCAAGGCTACTAGAGATTATAGggaatgagaattcaatcttatgatgatc
agttgcttcatttagcggctgacttagctcaaagattgctacctgcatttgacactccaacagg
tttactac
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GGAATGAGAATTCAATCTTATGATGATCAGTTGCTTCATTTAGCGGCTGACTTAGCTCAAAGAT
TGCTACCTGCATTTGACACTCCAACAGGTTTACTACGTTGTCTATTAATTACTTTGTGGACTCA
CACATGTTTCTTTGAAACAATGGAATATCTTGATATGTTATGTATCATATCAGAAATTTGATCC
CCCAATCACCACCGTTCTCAACCCCCAGCCCACCAAAACACACATCGAACCAAACTCTTCTTTT
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CCGACATTTGAGCATTTCTTTTCGATGGAAAGTATCCCATGAGTTATTCAAATGGCAAAGGAGT
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ATGTGCAGTTCTCGTTGCAGGTATTCCATTTGGATCAGTAAATTTATTGTATGGAGTCGATGAA
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GAGATCATGTTTATTATTATTGTTCTATTGTCTCATGCTTCATTAGTTTTGGTTGTTTATCCTC
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TGCAGTTTATGAACGAGTTACAAAAAACTCTGTGCGTGGAATATGGGCACGCAGGTCGAAACTT
GACCTTGTTGGTGCCCATATAAATGTATTTACTGGTGAATGGACACAGAAGGTATTAACTTTCA
TTATCTCAGTGATAGTTTTGAAACTAGATGTTATATCGCTTGCGTTGTGTTGCTGATATGCAAA
CGTCTTGTTGTAGAATGAACTACCTCGTGTCATATGTGTAGGCATGCAACATACTGTTAGGGAT
ATTTTTTTCTTCTCGGCAGAGCGACCTAATAGTTTTGTTTATTAATTGATATATGACTGATAGG
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TGTCTGTATTTATGCCTTCGATATGAAACCTTAAGAGGCATAAGTACATATTTTCAATCATGTT
TTTAGCTGTGGGTGATGATTGCATAGTTTAATTGTACATGTTACACTAGAGGTTCTTCAGCTGC
TTTCTTGTCAAGTTTCAAATAAAAACCTACAATTTTAATTCCAGGTATGTGGAGGTAAATATGA
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TTGGATTACTCGTATATCAGAGATAAAAAAAAATGATGCACACATTCTAGATGATTTCTTATTC
TGCTTAGATTTAAGGTGTTAGCTGGAGATGTTGATCCTGCCATTCGAACTCATGCTGCCTTCTT
CAGTGTATGGAAAAAATATGGCTTCACCCCAGAAGGGTTTAATCTTGCTACATCCACTGTTCAG
GTAGTTAACTTTTTACTAAAAAAACTTTGGGTAGGATCATTATAAGCAGTGAGCCTCATATGGA
ATCATTCTTTTTCAAGAGATTTGAAACAGAACGATGAACCGTTGAGCTTTTGGTTGAAGAGTTG
ATTATAAAGTTTGGGGCACCAAAATGTTGAAGCACAAAGTACGTGCCACTTATTTATACTATCA
TTAACCCCACCATTTGGTATATTTCACAGAATGGACAAAGGAGCTACCCGCTGCGGCCTGAATT
GATTGAAAGCACATATTGGCTGTTCAAGGCTACTAGAGATTATAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS
Functional Information
Coding potential Y
Potential coding position 35996192-35999974(-)
35996119-35996118(+)
Potential amino acid sequence MQVAIFELSQPLNEATDHHKIEFSFPIISSSLEQPICAFNQFRPQRVAPLSILNSGCSKIKPFW
GEAIFFPYTEEGSMSSNGRINISS*(-)
MRIQSYDDQLLHLAADLAQRLLPAFDTPTAGGGTLTLEFGVLSRLTNDSVYERVTKNSVRGIWA
RRSKLDLVGAHINVFTGEWTQKDAGIGTSIDSFYEYLLKAYLLFGDEEYLYIFQEAYKAAMHYL
HHDPWYVEVNMNSGATVWPLFNSLQAFWPGLQVLAGDVDPAIRTHAAFFSVWKKYGFTPEGFNL
ATSTVQNGQRSYPLRPELIESTYWLFKATRDYRE*(+)
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Huang et al., 2021