Detail information of Zm00001d050526_circ_g.4


General Information
CircRNA Name Zm00001d050526_circ_g.4
ID in PlantcircBase zma_circ_008076
Alias zma_circ_0001836
Organism Zea mays
Position chr4: 96824733-96828256  JBrowse»
Reference genome AGPv4.38
Type   u-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene Zm00001d050526
Parent gene annotation Importin beta-like SAD2
Parent gene strand +
Alternative splicing Zm00001d050526_circ_g.2 Zm00001d050526_circ_g.3
Support reads NA
Tissues leaf, root
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered Zm00001d050526_T020:7
Zm00001d050526_T042:6
Zm00001d050526_T004:7
Zm00001d050526_T011:7
Zm00001d050526_T005:7
Zm00001d050526_T003:5
Zm00001d050526_T038:7
Zm00001d050526_T026:7
Zm00001d050526_T017:7
Zm00001d050526_T013:6
Zm00001d050526_T019:3
Zm00001d050526_T044:6
Zm00001d050526_T027:5
Zm00001d050526_T031:6
Zm00001d050526_T022:7
Zm00001d050526_T008:8
Zm00001d050526_T006:6
Zm00001d050526_T043:5
Zm00001d050526_T040:5
Zm00001d050526_T032:7
Zm00001d050526_T039:5
Zm00001d050526_T002:7
Zm00001d050526_T007:8
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Zm00001d050526_T015:7
Zm00001d050526_T025:7
Zm00001d050526_T041:7
Zm00001d050526_T010:7
Zm00001d050526_T014:4
Zm00001d050526_T034:7
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   AGTGACGTCATAAAGCATTTCTGGTTCCCTTCGATTGTTTTGCCATTTTGCCGGTATAGCATTG
GTGGACGGTTAATTTCCTGCGATTTGCAGGCCGCAGatattcttgttccattagacaactacat
ttctcggggaactgatcactttcttgcatgcaaagatccagattaccagcaaagcctgtggaag
gcacttca
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence ATATTCTTGTTCCATTAGACAACTACATTTCTCGGGGAACTGATCACTTTCTTGCATGCAAAGA
TCCAGATTACCAGCAAAGCCTGTGGAAGGCACTTCAATCTGTAAGTCTTGGTTTGACTGATTGT
TCCATACTTCCATTAGCTTATGATGTTCTGGGTGATACTAGTGGTACTACTTTTGCTGAGAAGC
ACCGATGCTTGTAGATTATGATGGACGAAAACATGGAAGATTCTGATATTGAACCTGCTCCCAA
GCTCATTGAAGTTGTTTTTCAAAATTGTAAAGGCAACGTGGATCACTGGGTTGAGCACTATCTC
AGGATTACAATTGAGCGGTTACGTCGAGCACACAAACCATACCTGAAATGCCTCCTTGTACAAG
TGGTAAGATGCTACATGAACACTCCTATTTTAGTATTATATTTCCTATCTCAGTGCTGTTGTGT
TTTATTGAGCACAAAAACCATGTGGAGTGTCTTCCTGTCTGATGAGTTGTAAGATGCAACATCA
GCATGCCGTATGTGTTTTTTCTGATGAGTACTAATCTGTTGGAGATTTTGTACTATTGAAGTGT
GTACGTGGATTGTCTACCTTCTCCTAAAAGCTTAAGCTTTTGGGTTGAACTAGGTAGTGCATAC
ACTCTAACATGGTATCAAAGCCAGAAGCCTCGAGTTCGAATCCTGACAGAGGCTTCATTTGTGC
CTCCGCCCCTTTGTTTCCACGCTTGCGCCTCACTCTCGCTAAACATGAGCAAGGGGCTTTTGGG
TTGAACTGGTTAGTGCATCCACTCTAACATTTACTAATTTTATCCACTATTGGTCGTCATTTGT
TCTTGTACTGTGTCTAGTAAGGGGATGAGGTTTCTCTAGTGAAATACAATATTTCAGTAGCTGT
ATAGCCAAAATGTCTTGCCTATCTTTTGAACTCATACAGAAGAATGAGGACGCTAATTGATTCG
GTTTCTGCAAGTGTACACACAAGAAACTAACAAGTGTTGGATAGATTCATGCTGCTGGATGGGG
GCAGCCCTTATTTTGCCAAGCTGTCTGTATCTAAAAAATGCTTGGATGGCATACTGAATGAAAT
TTCAATTCTTATTAATAGTATTCCATTATCTGAGGACACCATGGTAGGAAAAAAAGGAACTTGA
TCACAGGTCTCCTCTTTATCATAATAGAGGGCAGTACTGAACCCTTTATGGCTTGTTAAGATTG
GTCAGGATTGGAGGGGATACTCACACAACTTGCGAGCATGAGTGTTTTAGGCTGGGTATGGGAT
GCTTTACCAACTTTGCTGTAGATATGGGGCAAATAATGTAGAGGCTACTATGTAACTGTCTTCT
TACATCCCATGGTTTCAAAATTTTCCTGATCAAGTTTAATTATTAGTAGTTTCACCTATTGCTG
GATTCAACTGGTGGAATATTATCTATCTGTACCCTGATGTTGGCATGTATAGTGCAAAAACAAA
TAGGGTTAATTGAATACTTTAAGCGATACTGAATATAGTGGTATTGTTGTTTAGGGTGTAGTTC
TTGTGCCCAAGGATTTAAAATTTGGTACAGAAAAGCTCTAGGAACTTAGGTTTTTGATTGCTCT
CTTTGCTTGTTTAGTTACCCTTGGATCTAATGTTTAATTGTAGATAAATGTGGCACATAAAACT
ATTATGTTGCACAACTAACTTGGTGTGATAGTGGTAAGATCCTTGATCTATGAAGGATCGTGGT
GTTCTTGGATCTGGTTCTTGGCCTTTCCATTTACTTCTATGATAACTGGAAAAAAATTAAAACT
GTTGAAGTGAGGTAGGATTGAACCCAGAGCATCATGAGCTTGCGCTCACATATGTTATCGTAAA
TGTGACTTGAGATGGTTTGGTACTGGATAATGACACCAAAGATTTTTCAGCAAAAATATCATTG
AGGTCACATATATGGGATAAGCTCGTTTCATCACTCGATGGAAACCACTCCTTTTGTGACCGCC
TGGATGGATCAGGGTCTGGTTCGGTGGCAAAAACCTGAGACAAGGACAAACTCATTGTGTAATG
ATTCGTGTTTATCTCTGCTATATTGCTTGTGCCTAAGAACTGTGATACATGCAGATCGCTAATG
CGCTCTACTACAATCCTGCGCTGACCCTTGAGATTTTAAATAAGCTCGGGGTTGCAGCTGACAT
TTTTAACCATTGGTTTGCTATGCTACGACAAGTTAAAAAAAGTGGGGCACGTGTTAATTTCAAG
AGGTACAATTGTTGTTTTGCATGTTTATGTTTCTTCATGTTACCTATGATGAACCAGTATTGTT
TTATTGCTTTGTTTGCAGGGAGCATGATAAGAAAGTTTGCTGCTTGGGCTTGACCTCCCTTATT
GCGCTTCCAGCTGCTAAGATTCCAGCAGATGCTTTGGATCGGATCTTCAAAGCAACACTTGAGC
TGCTTGTTGCTTACAAGGACCAAGTTGCAGGTGGAGTGTGTGTGTTGTGCTTAGTTTTCTAAAC
TTTGCCGCTGAGGCACTCCCCCCACCCCTGCTCCAATCCACCCACCCACCCATGCACATTACCA
GATTATGTCGACGATTTTGCATATTATATGCTGTTTTTGTTTCCAGTTTGGTTAGATTATGCTT
ATTTTTATTTTTCATTGGTTGTGTTTCTCCGCATTGTGTGTCTATGATAAGGATCCATGTTTTT
AGTTGTGCTTGTGTTTTTTTCCCTGGTGAATACACAGAAGCTAAGAAGCAAAATGAAGAGGCTG
CTGATGATATGGATGGTTTTGATGCTGATGAAGAAGATGATGACGAAGTTGACTCTGATAAGGA
GATGGGTCTTGATGATGAAGACGGGGATGAAGTAAGCAGTCTTCAGCTGCAGAAATTAGCCGCA
GAGGTCTGTTTTTCAATCTTTACCGACCTTGAGGCAATCATCTATTTCAGTAACGCCATACCAC
TCATTTAGTATTGGATCAACTTTAGTTATTTCTGGAAAAAGATGTAGTTCTTTCTTGAGGATGC
ATTTTTTCTGACCCTTGTGCTCCATAATTTGATCGTTCTATTTTATAATGATCCAGGCTAGAGG
CTTCCAACCAGCCGATGACGATGACTCAGATGATGATTTCAGCGACGATGAGCTACACTCACCA
ATAGACGAGGTGGATCCTTTCATTTTCTTTGTAGAAACTGTCCAAGGTAAACTGTGTTGTTTTC
TATTAGATAGATGTTTGTTCTCACCTGAAAAAATATATGGTTGAGTTACTCATAAGTTGCCTGG
CTGTCTGTCACAGGTTTGCAGGCATCTGATCCTGCCAGGTTCCAGAACCTTATGCATACATTGG
ATTTTTCTTATCAAGCGCTTGCTAGTGGCATTGCACAACATGCCGAGCAAAGAAAAAATGAAAT
TGAGAAGGAGAAATCTGAGAAGGCAAATGCACAGTGACGTCATAAAGCATTTCTGGTTCCCTTC
GATTGTTTTGCCATTTTGCCGGTATAGCATTGGTGGACGGTTAATTTCCTGCGATTTGCAGGCC
GCAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.022858357
Functional Information
Coding potential Y
Potential coding position 96828101-96828158(+)
96824791-96828166(-)
Potential amino acid sequence MPSKEKMKLRRRNLRRQMHSDVIKHFWFPSIVLPFCRYSIGGRLISCDLQAADILVPLDNYISR
GTDHFLACKDPDYQQSLWKALQSIMMDENMEDSDIEPAPKLIEVVFQNCKGNVDHWVEHYLRIT
IERLRRAHKPYLKCLLVQVIANALYYNPALTLEILNKLGVAADIFNHWFAMLRQVKKSGARVNF
KREHDKKVCCLGLTSLIALPAAKIPADALDRIFKATLELLVAYKDQVAEAKKQNEEAADDMDGF
DADEEDDDEVDSDKEMGLDDEDGDEVSSLQLQKLAAEARGFQPADDDDSDDDFSDDELHSPIDE
VDPFIFFVETVQGLQASDPARFQNLMHTLDFSYQALASGIAQHAEQRKNEIEKEKSEKANAQ*(
+)
MQESDQFPEKCSCLMEQEYLRPANRRKLTVHQCYTGKMAKQSKGTRNAL*(-)
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Ma et al., 2021b