Detail information of A04_circ_ag.4


General Information
CircRNA Name A04_circ_ag.4
ID in PlantcircBase ghi_circ_000391
Alias ghi_circ_000073_byXiang
Organism Gossypium hirsutum
Position chrA04: 3385198-3389929  JBrowse»
Reference genome v1.1
Type   ag-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing A04_circ_igg.5
Support reads 17/10
Tissues root/stem
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   CT-AC
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GCTGTTTACCGGCAAAGATAAGCCTCTGTTGGTCTGGTGGGATCCCTTCCTTGTCTTGGATCTT
GGCCTTGACATTATCAATTGTATCAGAACTTTCCACctcgagggtgatggtcttgccagtaaga
gttttcacgaatatctgcatgccaccccttagacgaagcactaggtggagggtggactcctttt
ggatattg
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence CTCGAGGGTGATGGTCTTGCCAGTAAGAGTTTTCACGAATATCTGCATGCCACCCCTTAGACGA
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CCGCAAGAGTTCGGCCATCTTCAAGCTGTTTACCGGCAAAGATAAGCCTCTGTTGGTCTGGTGG
GATCCCTTCCTTGTCTTGGATCTTGGCCTTGACATTATCAATTGTATCAGAACTTTCCAC
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Xiang et al., 2018