Detail information of Csa1G013220_circ_g.2


General Information
CircRNA Name Csa1G013220_circ_g.2
ID in PlantcircBase csa_circ_000063
Alias Chr1:1775105_1779170
Organism Cucumis sativus
Position chrChr1: 1775105-1779170  JBrowse»
Reference genome Cucumis sativus v1.5
Type   e-circRNA
Identification method CIRI2
Parent gene Csa1G013220
Parent gene annotation NA
Parent gene strand +
Alternative splicing Csa1G013220_circ_g.1
Support reads NA
Tissues leaf,root
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered Csa1G013220.1:8
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GTCATGAGCATACCAGTACATGGGGCCAAGGGGGAGTTGCTTTTCTTAATCCCGAAAGCAACAG
CGAGGAGAAATCTTACTTGTGCTTGTATAGAATTACccagatttgggtattaagaaaattttaa
ttgtggattgggatgttcatcatggcaatgcaacacaaaagatgttctgggaggatccccgtgt
tttgttct
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence CCAGATTTGGGTATTAAGAAAATTTTAATTGTGGATTGGGATGTTCATCATGGCAATGCAACAC
AAAAGATGTTCTGGGAGGATCCCCGTGTTTTGTTCTTCTCTGTTCACCGGTAGGTGCATAAGAA
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CATGAGCATACCAGTACATGGGGCCAAGGGGGAGTTGCTTTTCTTAATCCCGAAAGCAACAGCG
AGGAGAAATCTTACTTGTGCTTGTATAGAATTAC
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.101556724
Functional Information
Coding potential Y
Potential coding position 1775175-1775129(+)
1779075-1775118(+)
Potential amino acid sequence MFWEDPRVLFFSVHRHEYGSFYPATHDGFYTKVGEGPGAGYNINVPWENGRCGDADYLAVWDHI
LLPVAEEYNPDMIMVSAGFDAAVGDPLGGCCVTPYGYSIMLKKLMNLAQGKIVLALEGGYNLDS
IASSMLACAELLLDGRTVNKPQETYPFESTWQVIQAVRQELSPFWPILSDEIPDNLISKKVPLP
EVLLSSSDSDDEASNGRLKSLEEVLQGITFSQLEVKEDSQGQAVNVTQPWRSELSKTDIWYAAF
GSNLWCPRLLCYIRGGQVEGMKRSCTGSMDTTPPKEIMWKSFPHRLFFGHEHTSTWGQGGVAFL
NPESNSEEKSYLCLYRITQIWVLRKF*
MSIPVHGAKGELLFLIPKATARRNLTCACIELPRFGY*
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description responsive to salt stress in root
Other Information
References Zhu et al., 2019