Detail information of Gh_A08G1513_circ_g.4


General Information
CircRNA Name Gh_A08G1513_circ_g.4
ID in PlantcircBase ghi_circ_000928
Alias ghr_circ_0000660
Organism Gossypium hirsutum
Position chrA08: 92099812-92104444  JBrowse»
Reference genome v1.1
Type   ei-circRNA
Identification method find_circ; CIRI
Parent gene Gh_A08G1513
Parent gene annotation SIMILAR TO: AT4G16770, 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent
oxygenase superfamily protein
Parent gene strand +
Alternative splicing Gh_A08G1513_circ_g.1 Gh_A08G1513_circ_g.2 Gh_A08G1513_circ_g.3 Gh_A08G1513_circ_g.5
Support reads NA
Tissues fiber/ stem
Exon boundary   No-Yes
Splicing signals   GT-CA
Number of exons covered Gh_A08G1513:2
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TCAGATTGATCACTTTCGATTGCTTGAACAACAGGTGACTCTAAAGAAACTTTCTATCTTGGTC
CACTAGCTGATGGCCTCAATCAATGGCCTTTAGAAGgaagatctaccgtcttggagaagcacaa
tggagacttatcatcaaaaagtgctgtgagtccctgctattaattcacatattggtatttatgg
tttctgca
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GAAGATCTACCGTCTTGGAGAAGCACAATGGAGACTTATCATCAAAAAGTGCTGTGAGTCCCTG
CTATTAATTCACATATTGGTATTTATGGTTTCTGCAAAGAGTTTCTATTATAAATTTATAGATA
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AACGACTTTGATTTGAGATGCTAGAGGGTTTATTCAAGATTTTCCAATACACCCATTTCAGTAG
CGAAATTTTTCTTTCCTAATTCCTTTCTGGTTTACTGTAAAGATCATTTGAGGTCAGATTGATC
ACTTTCGATTGCTTGAACAACAGGTGACTCTAAAGAAACTTTCTATCTTGGTCCACTAGCTGAT
GGCCTCAATCAATGGCCTTTAGAAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS
Functional Information
Coding potential NA
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Salih et al., 2020