Philip Green


菲利普·格林(Philip Green,1950-),美国科学院院士,华盛顿大学基因组科学教授、生物工程和计算机科学兼职教授(实验室主页:http://www.phrap.org/)。格林教授是基因组信息分析的先驱之一,最早的生物信息学家之一。他最广为人知的贡献是其开发的Phred/Phrap/Conced系列生物信息学软件,提出了测序质量值的概念,并把测序质量值应用到基因组拼接组装等方面,对测序相关的基因组拼接和分析产生了巨大的影响。人类基因组等诸多重要基因组最初都是用Phrap系列软件拼接完成的。

格林对遗传学的启蒙来自他的邻居罗伯特·埃尔斯顿(Robert Elston)。格林在读高中时,当时位于北卡罗来纳大学的统计遗传学家埃尔斯顿为他提供了一份大学生物统计学系的暑期工作:通过计算机编程来进行遗传分析。1968年,格林进入哈佛学院学习理论数学,并专注于数论和抽象代数等领域。并于1976年在加州大学伯克利分校获得数学博士学位。随后在哥伦比亚大学任职助理教授。这一时期,他逐渐对生物问题产生了兴趣。1994年,当格林来到华盛顿大学时,他带来了为C. elegans基因组测序项目开发的两个计算机程序PHRED和PHRAP。 PHRED可以从测序原始数据中自动读取每一个位点的信息,并为其计算错配率;PHRAP组装测序读序并以此重建基因组片段的基础序列。随后,他与同事着手改进这两个程序,并开发了第三个工具CONSED,用于编辑测序数据,并将这些工具免费提供给学术机构。之后,格林一直致力于建立一个完整基因组编码蛋白的“列表”。2000年,格林和同事们利用EST技术估计了人类基因组中存在的基因数。研究结果令人惊讶:尽管前人估计的数字是6-10万,但格林的团队得出的估计只有3.5万。最终,人类基因组序列的完成证实了该估计。