Bioinplant Lab of Zhejiang University  

生物信息学札记(第四版):


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主编:樊龙江

 

浙江大学作物科学研究所

浙江大学生物信息学研究所

浙江大学IBM生物计算实验室

 


1959年9月我国自行研制的的104真空管电子计算机通过国家鉴定。它每秒钟可以执行1万条浮点运算指令。2016年6月在世界超级计算机500强名单中位居首位的我国无锡超算中心的神威太湖之光计算机,其峰值运算速度达到每秒9亿亿次(93104.6Tflops)。57年间,运算速度提高了9万亿倍。信息技术的如此发展速度是人类在所有其它科学技术领域不能比拟的,它注定要改变社会生产和生活的一切方面。生物学和医学的研究也不例外。

1953年DNA双螺旋结构的发现,把生物学推进到分子水平。生命活动的核心过程由核酸和蛋白质两大类高分子,以及它们与其它分子的相互作用决定。DNA和蛋白质符号序列的测定,特别是永无止境的基因组测序,导致生物大数据的迅猛增长。生物信息学应运而生。

1999年我提出建立国家级的生物医学信息中心的建议。建立“中心”的努力虽然由于科学管理体制问题而长期搁浅,我国生物信息学的研究和教学在广大同行推动下仍然不断进步。2001年初我和张淑誉在杭州参加华大基因的籼稻基因组测序任务。相当一部分测序工作在西湖边上曲园凤荷附近的杭州华大完成。西湖“西进”之后,现在那里只剩下金庸茶馆的一座亭子。

那时华大基因杨焕明教授等学者与浙江大学相关院系商议,着手建立生物信息学的研究生点。我自始至终参与了筹划过程,并且承诺为2001—2003年的三届研究生讲授“生物信息学引论”大课。浙大请当时已经是副教授的农学院樊龙江博士做我的“助教”。这是一位极其称职的“助教”。他每课必在,认真地批改学生作业,同时还参加了水稻基因组的研究。

2004年以后,朱军教授和樊龙江等继续生物信息学的讲授和研究。我高兴地看到,十几年来浙江大学的生物信息学无论在学生培养,还是科学研究方面都作出了明显成绩。现在樊龙江聚团队之力,主编了《生物信息学》一书,更是值得祝贺的好事。不过我自己只有同一两位合作者共同写书的经历,对于现在比较时兴的团队著述没有经验,也不大放心。好在樊龙江告诉我,他在统一全书文字和体例方面,下了很大功夫。我想,读者们是会对此有所评价的。

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复旦大学理论生命科学研究中心

2017年7月26日