第二版序

第一版序

第二版前言

第一版前言

第 1 章　绪论

第一节　基因组及基因组学概念

一、基因组基本概念

二、基因组学及其技术概述

三、基因组学发展简史

第二节　植物基因组特征与测序

一、植物基因组特征

二、植物基因组测序历史及其进展

第三节　植物基因组学展望与挑战

一、植物基因组学研究展望

二、植物基因组学面临的挑战

第 2 章　植物基因组测序与拼装

第一节　基因组调查与测序

一、细胞遗传学分析

二、基因组调查测序与 K-mer 分析

三、植物基因组测序

第二节　植物基因组拼接组装

一、基因组拼接

二、染色体水平组装

第 3 章　植物基因组构成与注释

第一节　植物基因组大小与基本结构

一、植物基因组大小

二、植物基因组基本结构

第二节　植物基因组主要构成因子与鉴定

一、蛋白质编码基因

二、非编码RNA

三、重复序列

第 4 章　植物基因组转录

第一节　转录组概述

一、转录组及其测定

二、基因转录水平分析

第二节　植物基因组转录特征

一、植物转录本构成及其特征

二、编码基因转录水平变化

三、非编码 RNA 转录水平变化

第 5 章　植物基因组甲基化修饰

第一节　植物基因组甲基化特征及测定

一、 植物基因组甲基化特征

二、基因组甲基化测定

第二节　植物基因组甲基化的分子机制与功能

一、植物基因组甲基化的分子机制

二、植物基因组甲基化的生物学功能

第 6 章　植物基因组进化

第一节　植物基因组保守性与变异

一、植物基因组保守性与进化

二、植物基因组复制及其变异机制

第二节　基因组多倍化

一、 基因组片段倍增

二、基因组多倍化方式

三、基因组多倍化后二倍化过程

第三节　其他基因组进化机制

一、横向基因转移

二、 B 染色体和环状 DNA

第 7 章　植物群体基因组

第一节　群体基因组学概述

一、群体基因组变异与进化分析

二、基因组选择信号检测方法

三、泛基因组分析

第二节　自然群体基因组特征与自然选择

一、自然群体基因组变异与进化

二、自然选择位点及其特征

第三节　作物群体基因组特征与人工选择

一、人工选择对作物基因组影响

二、作物群体结构及其人工选择和遗传渐渗

三、作物泛基因组

第 8 章　植物单细胞基因组

第一节　单细胞组学概述

一、单细胞及其组学研究

二、单细胞组学关键技术

第二节　植物单细胞组学研究

一、植物单细胞组学研究状况

二、植物单细胞组学展望

第 9 章　植物三维基因组

第一节　三维（ 3D）基因组学概述

一、三维基因组及其检测技术

二、三维基因组学分析技术

第二节　植物三维基因组结构与分析

一、植物三维基因组结构

二、植物三维基因学分析

第 10 章　植物合成基因组

第一节　合成生物学概述

一、合成生物学概念及其技术

二、植物合成基因组意义与展望

第二节　植物基因组设计与合成

一、植物次生代谢途径人工合成

二、光合途径与高光效植物创制

三、植物底盘基因组

第 11 章　植物细胞器基因组

第一节　细胞器基因组概述

一、叶绿体基因组

二、线粒体基因组

第二节　细胞器基因组特征与利用

一、叶绿体基因组

二、线粒体基因组

第 12 章　植物功能基因挖掘技术

第一节　基于群体的基因挖掘技术

一、基于双亲群体的基因挖掘技术

二、基于自然群体的基因挖掘技术

第二节　基于遗传网络的基因挖掘技术

一、基因调控与共表达网络

二、蛋白质互作网络

三、多组学整合网络

第 13 章　植物功能基因组学技术

第一节　基因的突变与表达操控

一、突变体库的构建与分析

二、基因表达的操纵技术

第二节　基因编辑技术

一、ZFN 和 TALEN 技术

二、基于 CRISPR/Cas 的基因编辑技术

第 14 章　组学数据育种利用

第一节　组学数据与作物育种

一、作物育种过程及其遗传本质

二、作物组学数据育种利用途径

第二节　作物育种的基因组学解析

一、遗传重组率图谱

二、作物遗传传递及其变异

三、杂种优势

第三节　组学相关育种技术

一、基因组选择

二、智能设计育种

三、其他组学育种技术

第 15 章　植物基因组数据资源

第一节　综合性基因组数据资源

一、国际门户网站及其基因组相关数据库

二、植物基因组数据库

第二节　植物转录与修饰相关数据资源

一、植物转录组相关数据库

二、植物基因组表观遗传修饰相关数据库

三、植物多组学数据库

主要参考文献