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人类疾病相关基因及其蛋白和DNA修复的计算分析

 Computational Analysis of Genes and Proteins related to Human Diseases and DNA repair

 

项目负责人: 朱军

所在单位: 浙江大学农业与生物技术学院

项目开始时间: 2003年9月25日

项目预计结束时间: 2004年12月31日

项目主要研究人员:

朱 军 教授,农业与生物技术学院,0571-86971731,jzhu@zju.edu.cn

华跃进 教授,农业与生物技术学院,0571-86971703,yjhua@zju.edu.cn

樊龙江 副教授,农业与生物技术学院,0571-86971730,fanlj@zju.edu.cn

徐海明 博士,农业与生物技术学院,0571-86971731,hmxu@zju.edu.cn

设备情况:IBM捐赠设备已经到位,目前正在安置中。 学校配套设备正在落实中,预计2004年3月前可以到位。

项目网站:http://ibi.zju.edu.cn/ibm/

项目的预计主要学术成果和技术成果:

1、 建立一条分析和定位人类复杂疾病/性状的有效方法并编制相应的软件;定位中国人一些地方疾病相关基因。

2、 确定与DNA修复相关基因pprl蛋白质结构并探明其修复机制;

3、 新建基因转录位点多态性数据库(transcription initiation frequency database)

项目当前准备及启动情况概述:

1、 已完成复杂疾病/性状遗传信息的基因定位遗传模型的构建,推导了估计各项效应参数的算法及其显著性检验的统计方法,编写及调试全同胞家系、半全同胞家系数据资料的基因定位计算机模拟程序,开发了适用于任意家系结构分子标记位点等位基因传递一致的概率的计算机程序。现已收集郑州家系血样共229份,全部样本都已提取DNA,抽取24个不同家系的样本进行候选基因测序,已完成7 个基因的测序,并找到若干SNP位点,并完成其中数个位点的全部样本基因分型工作。收集了31个大肠癌家系,采集了患者和家系中健康成员的血样共312 份,抽提了DNA,建立了家系资料的数据库,另对20余个大肠癌家系进行了初步的调查,建立了联系,为进一步采样做准备;利用基因组DNA,对FAP家系和HNPCC家系先征者进行了基因突变的检测;进行了1个候选基因的基因组测序;测定了147例大肠癌和健康人的血清标本的蛋白质质谱。

2、 前期准备工作已经准备就绪,项目在启动中。初步完成了PprI蛋白的功能结构域分析,并构建了PprI蛋白的超表达系统。

3、 项目已启动,已建立了一个转录位点多态性数据库数据库(PIFdb: a database of potential transcription initiation frequency )并已发布了第一版(Release 1)2392条植物基因记录。数据库主页网址:http://ibi.zju.edu.cn/bioinplant/pif/ 。目前正在研发一个基于UNIQENE(NCBI)的软件系统(PIPELINE),并计划2004年初推出第二版数据。

项目进度安排:

2003年12月8日 项目启动

2003年12月8日-2004年12月31日 项目研发

2004年12月31日 项目结束

IBM 大学合作部

2003 年 11月 30 日


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