祝贺本实验室2位博士和4位硕士顺利完成论文答辩

2025年6月4日，在新农村发展研究院二楼生物信息与大数据技术中心A205，硕士生龚晓娇、沈乐荑、卢雅茜、沈辛儿和博士生姚洁、谢玲娟完成毕业答辩。

博士生姚洁以“水稻种胚单细胞时空图谱构建及其萌发分子机制研究”为论文答辩主题，通过方法创新和多维度数据整合，从分子水平与空间维度上全面解析了水稻种子萌发过程中胚细胞的时空转录特征及功能动态，首次揭示了盾片细胞的新亚型及其在营养转运和发育调控中的关键作用；同时，通过跨物种比较，探讨了不同植物种子中细胞类型保守性及其调控程序的共性机制。

博士生谢玲娟以“水稻泛基因组及其着丝粒组装与演化研究”为论文答辩主题，利用泛基因组学和比较基因组学等手段，通过高质量基因组组装，复杂重复区域从头精细注释和多组学数据整合，构建了基于共线直系同源基因的水稻泛基因组，绘制了水稻着丝粒遗传变异图谱和表观修饰图谱，为解析水稻基因组驯化历史、着丝粒演化与物种形成的关系等方面提供了新的认识和理论基础。

硕士生龚晓娇以“稗属植物多倍化和驯化过程中 DNA 甲基化演化规律研究”为论文答辩主题，其研究获得了稗属植物二倍体、四倍体、六倍体共计 20 个样本的全基因组甲基化数据和转录组数据（~ 900 Gb），并结合小麦、水稻和棉花的公共数据（~ 2.6 Tb），探究了 DNA 甲基化在稗属植物多倍化及驯化过程中的作用，并重点比较了稗属优势种六倍体 E. crus-galli 和与其多倍化进程相似的普通小麦（Triticum aestivum）的甲基化演化规律，以及稗属和水稻驯化过程中的甲基化变化。

硕士生沈乐荑以“黑麦非编码 RNA 的鉴定、人工选择及演化研究”为论文答辩主题，通过黑麦基因组中非编码miRNA（microRNA） 和 lncRNA（long noncoding RNA）的大规模鉴定，驯化和遗传改良过程中受到人工选择的非编码 RNA 位点分析，小麦基因组来自黑麦来源的非编码 RNA 剖析，揭示了非编码 RNA 在黑麦驯化中的作用与规模，解析了黑麦非编码 RNA 在小麦品种形成过程中发挥的潜在作用。

硕士生卢雅茜以“植物细胞类型标记基因及功能特征分析方法与应用研究”为论文答辩主题，构建了植物细胞类型高可信标记基因与通路标记挖掘体系。基于该体系和植物细胞类型分类系统，整合 33 个物种 107 篇文章转录组数据，最终获得 58846 个植物高可信标记基因和 5243 个细胞类型特异性通路标记。同时这些标记数据更新到 PlantscRNAdb 数据库中（http://ibi.zju.edu.cn/plantscrnadb/#/）。

硕士生沈辛儿以“单细胞水平解析拟南芥表皮毛动态发育及跨物种比较研究”为论文答辩主题，围绕表皮毛发育调控机制，结合公开数据集和基于 10x Genomics 平台获得的自测数据，在表皮毛特异基因筛选、发育轨迹构建、基因调控网络推断及保守功能蛋白识别等方面开展单细胞水平研究。

时光荏苒如白驹过隙，往事依稀若素月流空。转眼间几位毕业生的求学生涯已接近尾声。在这几年中，他们有学习室中的挑灯夜读，冥思苦想，用实践夯实地基；也有文章中的字斟句酌，吹尽缺漏，成就佳作。长路漫漫，青春未央，愿这些年的所学所知，可以让他们在未来乘风而起，扶摇直上九万里！

（周芮遥）