我实验室发文阐述植物环形RNA特征

近日，生物信息学顶级期刊《Briefings in Bioinformatics》（IF5=7.065）在线发表我实验室论文“Characteristics of plant circular RNAs”（https://doi.org/10.1093/bib/bby111）。该论文通过分析目前已发表的植物环形RNA（circRNA），揭示了植物circRNA特征，包括circRNA来源、可变剪接（可变环化）现象、剪接信号特征、潜在的miRNA-circRNA网络等，并提出植物circRNA统一命名的规则（图1）。论文通讯作者为叶楚玉副教授，第一作者为博士生褚琴洁。

图1. 不同植物物种中各种类型circRNA分布比例。该研究共定义了10种不同类型植物circRNA（A）和水稻、拟南芥等12种植物物种中的分布（B）。

环形 RNA是由于特殊的反向剪接，使得下游序列与上游序列结合，引起序列的环化而形成。近年来circRNA分子在人类及动植物基因组中被大量鉴定，并被研究证明具有重要生物学功能，如作为 miRNA的靶标竞争分子、调控编码母基因表达、吸附蛋白等。事实上，我实验室近年来一直从事植物circRNA工作，例如2015年在国际上率先证实水稻基因组中大量存在circRNA，该项工作发表在New Phytologist（Ye et al., 2015），在植物学界产生广泛影响，成为“Web of Science”高被引论文。同时，我们前期构建的国际上第一个植物circRNA数据库PlantcircBase （Chu et al., 2017. Molecular Plant）， 目前已更新至第3版（图2）。该版收集了更多的植物circRNA，整合了更多最新结果，并增加多项分析功能（如可视化等）。

图2. 植物环化RNA数据库PlantcircBase 3.0主页