QGAStation 1.0
经典数量遗传学分析软件
Copyright 2003 ©
开发者 陈国波 朱军
浙江大学 生物信息研究所
QGAStation 简介
QGAStation有以下几个特点:可以分析农艺性状,动物性状,种子性状,和发育性状等的复杂遗传模型;可以分析非平衡数据;使用jackknife的方法测试各个参数的显著性; 分析结果输出文件中列出了一些重要的参考文献。本软件中的模型和公式可以参考遗传模型分析方法(朱军著,1997,中国农业出版社, 北京)或 Handbook of Formulas and Software Plant Geneticists and Breeders (Manjit S. Kang编,2003,Food Products Press, New York)或朱军上的有关论文。QGAStation的所包括的农艺、动物、种子、区域试验、模型等软件包由朱军用编写,Link Map模型由吴吉祥编写,核心种质资源分析模块由徐海明编写,基因芯片模块由陆燕编写。图形用户界面由陈国波编写。
 
 
系统要求
硬件要求:PC 586或以上; 32MB RAM或以上; 最低10Mb空间。
软件要求:Microsoft Windows 95, 98, Me, NT, 2000, XP, 2003。
 
下载与安装
中文版 QGA_Cn.zip
英文版 QGA_En.zip
解压缩后可直接运行。
 
 
如何运行程序
数据分析的六个步骤

1.生成原始数据输入文件 一般所使用的文本编辑器,包括QGA Station都可以用来编辑原始数据文件。但是,我们建议您使用Microsoft Excel,或者其他电子表格编辑软件,那样会使您的数据编辑工作比较轻松且不易出错。程序中的每 种分析方法所使用的原始数据输入格式是不一样的,您可以在每个方法的help文档里找到详细的原始数据输入格式的定义。作为参考,我们为您提供了每个方法的数据输入样本文件,您可以在Sample文件夹中找到。缺失数据用点号表示(".")。

2.打开原始数据文件 您可以通过主菜单的【文件】>>【打开】选项打开文件,或者用更简便的方法,通过鼠标单击工具栏上的【打开】图标打开文件。

3.选择分析方法和模型 每个原始数据文件都需要选择一个合适的统计方法模型。您可以通过鼠标单击菜单的【方法】项看到QGAStation软件所罗列的所有方法——农艺动物种子测试连锁图谱等方法。单击任意一个,会出现一个子菜单(如果有子菜单),罗列了属于这个方法的各种模型。此时,您可以从子菜单选择您所需要的方法所提供的模型。

4.系数设置 当您从选择【方法】菜单选择了一个模型之后,系数设置框会自动出现。您可以参阅您所选择的模型所属方法的帮助文件,里面有各个系数设置框中系数意义的详细解释。

5.运行 当系数设置完毕后,您可以选择鼠标单击系数设置框底部的运行按钮直接运行数据,或者单击运行按钮旁的取消按钮退出系数设置框-程序也将自动运行。

6.查看结果文件 结果文件将 自动保存在原始数据文件所在目录下。因为所有的结果文件都是文本格式,所以您可以用一般的文本浏览器查看结果,当然,我们依然推荐您使用Microsoft Excel之类的电子表格软件来查看数据。在结果文件中,每行内的数据间都是用逗号分隔。

注:有一个名字为filename.cgb的文件将是自动产生的,它用于记录被删除的包含缺失数据的观测值。
 
软件中可分析的性状的方法
农艺性状
动物性状
种子性状
区域试验
核心种质资源库构建
连锁群分析
QTL数据
基因芯片