原始数据格式

数据格式如同Sample文件夹中ChipLog1.txt,Example05.txt所示。

第一列是基因编号，

第二列是芯片编号，

第三，第四列是试验因素，如果只有一个试验因素，那么请将试验因素放置在第三列，第四列全部置为1。

第五列是染色效应(1表示cy3染料，2表示cy5染料)，如果不是一个正反染色的试验，那么此列全部标记为1。

第六列是芯片的表达数据，缺失数据用99999.000表示。

此模块由陆燕开发。

 
 
 
基因芯片分析方法中的所有模型具有相同的系数设置框。
1.
打开文件，选择数据所在位置。
2.芯片效应
如果有芯片效应，就选择有；反之，选无。
3.重复
如果有重复，就选择有；反之，选无。
4.试验因素
如果是双因素试验设计，选择2，如果是单因素试验设计，选择1。
5.正反染色
如果是正反染色，选择是，否则，选择否。
6.单基因模型显著水平
单基因模型有六个水平可供选择： 0.01, 0.005, 0.001, 0.0005, 0.0001 和 0.00005. 对于固定模型，默认值 0.001。
7.基因与处理互作效应聚类的显著水平
有四个水平可供选择: 0.05, 0.01, 0.005 and 0.001. 对于固定模型，默认值0.001。
8.运行
运行. 结果文件将自动保存为 filename.out, filename.eft, tprob.txt 记录了单基因模型所筛选的基因的显著水平。一般而言， <0.001显著水平比较适合cDNA 芯片数据的分析. name.txt 记录了基因编号，芯片编号和试验因素编号，是对原始数据的扫描. 用户可以对照这个文件，检查程序的数据读取是否正确。
9.取消
退出，放弃程序运行。
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